Metrics
Publication
138
Open Access
10
UN Sustainable Development Goals
Education
2008 - 2013
2008 - 2013Doctorate
University of the Sunshine Coast, Australia
Foreign Languages
C2 Mastery
C2 MasteryEnglish
Research Areas
Health Sciences
Microbiology and Clinical Microbiology
Immunology
Medical Microbiology
Bioinformatics
Microbiology
Bacteriology
Research Areas Based on Academic Activities
Avesis Research Areas
WoS Research Areas
Scopus Research Areas
Academic Positions
2024 - Present
2024 - PresentProfessor
Erciyes University, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri
2019 - 2024
2019 - 2024Associate Professor
Erciyes University, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri
2018 - 2019
2018 - 2019Assistant Professor
Erciyes University, Tıp Fakültesi, Temel Bilimler
2014 - 2018
2014 - 2018Assistant Professor
Erciyes University, Tıp Fakültesi, Temel Bilimler
Supervised Theses
in Progress
in ProgressPostgraduate
Çoklu Dirençli Acinetobacter baumannii Patojenine Özgü Litik Bakteriyofaj İzolasyonu ve İdentifikasyonu
GÜNDOĞDU A.
P.Yaşar(Student)
2025
2025Doctorate
İnsan mikrobiyomunda bulunan bakteriyofaj komünitesinin konakçı hastalıklarıyla olan ilişkisinin araştırılması
Gündoğdu A. (Advisor)
M.HORA(Student)
2025
2025Postgraduate
KOLİSTİN DİRENÇLİ KLEBSİELLA PNEUMONİAE İÇİN TERAPİ POTANSİYELİ TAŞIYAN LİTİK BAKTERİYOFAJLARIN ARAŞTIRILMASI
Gündoğdu A. (Advisor)
B.ARSLAN(Student)
2024
2024Doctorate
Marmara Dnizi musilajı ile deniz suyu metagenomunun karşılaştırmalı olarak incelenmesi
Gündoğdu A. (Advisor)
G.KARIŞ(Student)
2018
2018Postgraduate
MİKROBİYOM KAYNAKLI ANTİMİKROBİYAL DİRENÇ GENLERİNİN TAKSONOMİK ORJİNLERİNİN TESPİTİ
KILIÇ H. (Co-Advisor), GÜNDOĞDU A.
M.HORA(Student)
2018
2018Postgraduate
Klinik Numunelerden İzole Edilen Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae Kökenlerinin Rektal Sürüntü Kökenleri ile Karşılaştırılması
GÜNDOĞDU A. (Co-Advisor)
N.Akman(Student)
2018
2018Postgraduate
Çocuk ve yetişkin hastaların kan kültürlerinden izole edilen çoklu dirençli E. coli kökenlerinin virülens gen varlığı ve filogenetik grup bakımından karşılaştırılması
GÜNDOĞDU A. (Co-Advisor)
İ.Şen(Student)
2018
2018Postgraduate
Yoğun Bakım Ünitelerindeki Çevresel Mikrobiyomun Yeni Nesil Dizileme Teknolojisi İle Araştırılması
GÜNDOĞDU A.
E.Aslan(Student)
2017
2017Postgraduate
İmmünmodülatör etkisi olan İnterlökin-10 sitokin geninin klonlanması
GÜNDOĞDU A.
N.Büşra(Student)
Articles
All (60)
SCI-E, SSCI, AHCI (46)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (54)
ESCI (7)
Scopus (52)
TRDizin (10)
Other Publications (2)
2025
20251. Oral and gut microbiota after acromegaly treatment: prospective assessment and insights from machine learning.
Hacioglu A., Karaca Z. C., Urhan E., Demir A. N., Sahin S., Gundogdu A., et al.
Pituitary
, vol.29, no.1, pp.25, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20252. Deep learning-enhanced wellness scores: A population level study on gut microbiome profiling and health prediction
NALBANTOĞLU Ö. U., Ermis B. H., GÜNDOĞDU A.
BIOMEDICAL SIGNAL PROCESSING AND CONTROL
, vol.110, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20253. Lycopene Supplemented Mediterranean Diet Ameliorates Experimental Autoimmune Encephalomyelitis (EAE) in Mice and Changes Intestinal Microbiome
Atuk Kahraman T., Yılmaz M., Aslan K., Canatan H., Kara A., Nalbantoğlu Ö. U., et al.
Journal of Neuroimmune Pharmacology
, vol.20, no.1, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20254. From dysbiosis to therapy: Shared gut microbial signatures and targeted interventions across liver, heart and brain disorders
GÜNDOĞDU A., ARIKAN M., Ulaş A., Koldaş S. S., Ece G.
Next Research , 2025 (Peer-Reviewed Journal)
2025
20255. Unveiling gut microbiome divergence in sellar-parasellar masses and brain tumors: A link beyond the skull
GÜNDOĞDU A., Nalbantoglu O. U., Ulgen M., Sav M. A., Ekinci G., Kelestimur F., et al.
NEUROSURGICAL REVIEW
, vol.48, no.1, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20256. Reassessing the promise of NGS in sepsis diagnosis: overcoming scalability barriers
GÜNDOĞDU A.
Future Microbiology
, vol.20, no.11, pp.707-710, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20257. LONG-TERM IMPACT OF PERSONALIZED MICROBIOME-BASED DIET COMPARED TO LOW-FODMAP DIET ON IBS: A 12-MONTH FOLLOW-UP CLINICAL TRIAL
Tunali V., Arslan N. C., Ermis B. H., Hora M., GÜNDOĞDU A., Nalbantoglu O. U.
GUT
, vol.74, no.SUPPL_3, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20258. Salmonella serovars in a tertiary hospital in Turkey, 2015-2017: molecular epidemiology, antimicrobial resistance and molecular characteristics of resistance mechanisms
Unalan-Altintop T., Demirci-Duarte S., Koseoglu-Eser O., GÜNDOĞDU A., ÇAKAR A., Gulesen R., et al.
AFRICAN HEALTH SCIENCES
, vol.25, no.2, pp.70-78, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20259. Exploring the complex interplay of Blastocystis , morbid obesity, and bariatric surgery on gut microbial dynamics
ÖZDEMİR A., Sarzhanov F., DOĞRUMAN AL F., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., Yozgat A., et al.
MICROBIAL PATHOGENESIS
, vol.200, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
202510. Metabolic and genotypic characterization of meropenem-susceptible and meropenemresistant Serratia marcescens isolates
NİGİZ Ş., HAZIROLAN G., ALTINKANAT GELMEZ G., ÖZKUL KOÇAK C., Kocak E., ERDOĞAN KABLAN S., et al.
TURKISH JOURNAL OF MEDICAL SCIENCES
, vol.55, no.4, 2025 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)
2024
202411. The comprehensive evaluation of oral and fecal microbiota in patients with acromegaly
ŞAHİN S., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., ÖZDAMAR KARACA Z. C., HACIOĞLU A., URHAN M. E., et al.
PITUITARY
, vol.27, pp.555-566, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
202412. A Multicenter Randomized Controlled Trial of Microbiome-Based Artificial Intelligence-Assisted Personalized Diet vs Low-Fermentable Oligosaccharides, Disaccharides, Monosaccharides, and Polyols Diet: A Novel Approach for the Management of Irritable Bowel Syndrome
Tunali V., Arslan N. c., Ermis B. H., Hakim G. D., GÜNDOĞDU A., Hora M., et al.
AMERICAN JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY
, vol.119, no.9, pp.1901-1912, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
202413. Modulation of the skin and gut microbiome by psoriasis treatment: a comprehensive systematic review
Korneev A., Peshkova M., Koteneva P., GÜNDOĞDU A., Timashev P.
Archives of Dermatological Research
, vol.316, no.7, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
202414. Comparing microbial communities in mucilage and seawater samples: Metagenomic insights into mucilage formation in the Marmara Sea
Gündoğdu A., Nalbantoğlu Ö. U., Karis G., Sarikaya I., Erdogan M. N., Hora M., et al.
ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH , pp.1-12, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
202415. 16S rRNA sequencing reveals microbiota differences in orthopedic implants between aseptic loosening and prosthetic joint infection cases
Cetiner O. F., Hora M., KAFADAR İ. H., Kilic A. U., GÜNDOĞDU A.
ACTA MICROBIOLOGICA ET IMMUNOLOGICA HUNGARICA
, vol.71, no.2, pp.172-181, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
202416. A Shotgun Metagenomics Investigation into Labeling Inaccuracies in Widely Sold Probiotic Supplements in the USA
GÜNDOĞDU A., Karis G., Killpartrick A., ULU KILIÇ A., NALBANTOĞLU Ö. U.
Molecular Nutrition and Food Research
, vol.68, no.12, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
202417. Clonal spread of trimethoprim-sulfamethoxazole-resistant Stenotrophomonas maltophilia isolates in a tertiary hospital
PARKAN Ö. M., KILIÇ H., ALP MEŞE E., Timur D., GÜNDOĞDU A., Unaldi O., et al.
GMS HYGIENE AND INFECTION CONTROL
, vol.19, 2024 (ESCI)
2023
202318. A toolbox of machine learning software to support microbiome analysis
Zambrano L. J. M., Molina V. M. L., Bakir-Gungor B., Frohme M., Karaduzovic-Hadziabdic K., Klammsteiner T., et al.
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY , vol.14, pp.1-9, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
202319. The role of the Mediterranean diet in modulating the gut microbiome: A review of current evidence
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
Nutrition
, vol.114, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
202320. Metagenomic Profiling of Human Protozoan Parasites in Wastewater and Hospital Effluents
GÜNDOĞDU A., Charyyeva A., NALBANTOĞLU Ö. U.
JOURNAL OF CLINICAL PRACTICE AND RESEARCH
, vol.45, no.5, pp.435-446, 2023 (ESCI, TRDizin)
2023
202321. Potential associations between alterations in gut microbiome and obesity-related traits after the bariatric surgery
ÖZDEMİR A., Yozgat A., Isgin-Atici K., Avci E., Yildiz B. D., GÜNDOĞDU A., et al.
JOURNAL OF HUMAN NUTRITION AND DIETETICS
, vol.36, no.3, pp.981-996, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
202322. Culture-independent assessment of probiotic supplement consistency in commercially available probiotic supplements
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., Sarikaya I., Karis G., Erdogan M. N., Hora M., et al.
Food Bioscience
, vol.53, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202223. Artificial intelligence-based personalized diet: A pilot clinical study for irritable bowel syndrome
Karakan T., Gündoğdu A., Alagözlü H., Ekmen N., Özgül S., Tunalı V., et al.
GUT MICROBES , vol.14, no.1, pp.1-13, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202224. Efficacy of AI-Assisted Personalized Microbiome Modulation by Diet in Functional Constipation: A Randomized Controlled Trial
Arslan N. Ç., GÜNDOĞDU A., Tunali V., Topgül O. H., Beyazgül D., NALBANTOĞLU Ö. U.
Journal of Clinical Medicine
, vol.11, no.22, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202225. SERS-based sensor with a machine learning based effective feature extraction technique for fast detection of colistin-resistant Klebsiella pneumoniae
Ciloglu F., Hora M., GÜNDOĞDU A., Kahraman M., TOKMAKÇI M., AYDIN Ö.
Analytica Chimica Acta
, vol.1221, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202226. Acromegaly is associated with a distinct oral and gut microbiota
Sahin S., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., KADIOĞLU P., ÖZDAMAR KARACA Z. C., HACIOĞLU A., et al.
PITUITARY
, vol.25, no.3, pp.520-530, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202227. A comparative study of the clonal diversity and virulence characteristics of uropathogenic Escherichia coli isolated from Australian and Turkish (Turkey) children and adults with urinary tract infections
Astley D. J., Spang L., Parnian F., Vollmerhausen T., Kılıç H., Hora M., et al.
GERMS
, vol.12, no.2, pp.214-230, 2022 (ESCI, Scopus)
2022
202228. Stratification of the Gut Microbiota Composition Landscape across the Alzheimer's Disease Continuum in a Turkish Cohort
YILDIRIM S., NALBANTOĞLU Ö. U., Bayraktar A., Ercan F. B., GÜNDOĞDU A., Velioglu H. A., et al.
MSYSTEMS
, vol.7, no.1, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202129. Temporal overexpression of IL-22 and Reg3 gamma differentially impacts the severity of experimental autoimmune encephalomyelitis
Eken A., Erdem S., Haliloglu Y., Okus F. Z., Cakir M., Yetkin M. F., et al.
IMMUNOLOGY
, vol.164, no.1, pp.73-89, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202130. Gut microbiota in patients with newly diagnosed acromegaly: a pilot cross-sectional study
HACIOĞLU A., GÜNDOĞDU A., Nalbantoglu U., Karaca Z. C., URHAN M. E., Sahin S., et al.
PITUITARY
, vol.24, no.4, pp.600-610, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202131. Synthesis of pyrrolo[3,2-c]carbazole-2-carbohydrazides and pyrrolo[3,2-c]carbazol-2-yl-1,3,4-oxadiazoles and their in vitro antibacterial evaluation
Sağlam M. F., Gündoğdu A., Hora M., Kandemir H., Şengül İ. F.
Synthetic Communications , pp.1-11, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202132. ARTIFICIAL INTELLIGENCE-BASED PERSONALISED DIET: A PILOT CLINICAL STUDY FOR IBS
Karakan T., Gündoğdu A., Alagözlü H., Ekmen N., Kılıç G., Özgül S., et al.
Gastroenterology , vol.160, no.6, pp.99-100, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202133. Statistical and Machine Learning Techniques in Human Microbiome Studies: Contemporary Challenges and Solutions
Moreno-Indias I., Lahti L., Nedyalkova M., Elbere I., Roshchupkin G., Adilovic M., et al.
Frontiers in Microbiology , vol.12, no.635781, pp.1-9, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202034. Effect of essential oil supplementation to diet on meat quality, fatty acid composition, performance parameters and intestinal microbiota of Japanese quails
Kürekçi C., Özsoy B., Hassan E., Özkan H., Gündoğdu A., Özsoy Ş. Y., et al.
Journal Of Animal Physiology And Animal Nutrition , pp.1-11, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202035. COVID-19 Pandemic: Group Testing
Nalbantoğlu Ö. U., Gündoğdu A.
FRONTIERS IN MEDICINE
, vol.7, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201936. Rapid detection of difficult-to-culture bacterial pathogens using real-time nanopore sequencing
GÜNDOĞDU A., ULU KILIÇ A., KILIÇ H., NALBANTOĞLU Ö. U.
Infectious Diseases and Clinical Microbiology
, vol.1, no.3, pp.128-133, 2019 (TRDizin)
2019
201937. Presence of OXA-48 Gene in a Clinical Isolate of Lactobacillus rhamnosus
HAZIROLAN G., GÜNDOĞDU A., Nigiz S., ALTUN B., GÜR D.
FOODBORNE PATHOGENS AND DISEASE
, vol.16, no.12, pp.840-843, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201938. Mikrobiyom Modülasyonunda Kişiselleştirilmiş Probiyotik İhtiyacı
Gündoğdu A.
Tıp Fakültesi Klinikleri Dergisi
, vol.2, no.3, pp.79-82, 2019 (Peer-Reviewed Journal)
2018
201839. The first report of mobile colistin resistance gene (mcr-1) carrying Escherichia coli in Turkey
KUREKCI C., AYDIN M., NALBANTOĞLU Ö. U., GÜNDOĞDU A.
JOURNAL OF GLOBAL ANTIMICROBIAL RESISTANCE , vol.16, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)
2018
201840. Bacteriophage Therapy: An Unforgetten Source of Cure
GÜNDOĞDU A., ULU KILIÇ A.
KLIMIK JOURNAL
, vol.31, no.2, pp.78-87, 2018 (ESCI, Scopus, TRDizin)
2018
201841. Could Frequent Carbapenem Use Be a Risk Factor for Colistin Resistance?
GÜNDOĞDU A., Ulu-Kilic A., KILIÇ H., OZHAN E., ALTUN D., CAKIR O., et al.
MICROBIAL DRUG RESISTANCE
, no.6, pp.774-781, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)
2018
201842. An outbreak of bloodstream infection due to extensively resistant Acinetobacter baumannii among neonates
Ulu-Kilic A., GÜNDOĞDU A., CEVAHİR F., KILIÇ H., GÜNEŞ T., Alp E.
AMERICAN JOURNAL OF INFECTION CONTROL
, vol.46, no.2, pp.154-158, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)
2017
201743. Characterization of extended spectrum beta-lactamase ( ESBL)-producing Escherichia coli in Asi (Orontes) River in Turkey
Kurekci C., Aydin M., Yipel M., KATOULI M., GÜNDOĞDU A.
JOURNAL OF WATER AND HEALTH
, vol.15, no.5, pp.788-798, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2017
201744. Distribution and Antimicrobial Resistance of Salmonella Serovars Isolated in Kayseri Region
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., Ulu-Kilic A., Parkan O. M., TURE Z.
KLIMIK JOURNAL
, vol.30, no.1, pp.22-26, 2017 (ESCI, Scopus, TRDizin)
2017
201745. Human genome-microbiome interaction: metagenomics frontiers for the aetiopathology of autoimmune diseases
GÜNDOĞDU A., Nalbantoglu U.
MICROBIAL GENOMICS
, vol.3, no.4, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201646. Bir Süper Organizma Olarak İnsan; Mikrobiyomun Genetik Kontrolü
GÜNDOĞDU A.
TÜRK MİKROBİYOLOJİ CEMİYETİ DERGİSİ , vol.46, no.4, pp.147-151, 2016 (TRDizin)
2016
201647. Humans as a source of colistin resistance: In silico analysis of public metagenomes for the mcr-1 gene in the gut microbiome
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
Erciyes Tip Dergisi
, vol.38, no.2, pp.59-61, 2016 (ESCI, Scopus)
2016
201648. Characterisation of Phenotypic and Genotypic Antibiotic Resistance Profile of Enterococci from Cheeses in Turkey
Kurekci C., Onen S. P., Yipel M., Aslantas O., GÜNDOĞDU A.
KOREAN JOURNAL FOR FOOD SCIENCE OF ANIMAL RESOURCES
, vol.36, no.3, pp.352-358, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201649. Susceptibilities of Multidrug-Resistant Pathogens Responsible for Complicated Skin and Soft Tissue Infections to Standard Bacteriophage Cocktails
Gündoğdu A., Kılıç H., Kilic A., Kutateladze M.
MIKROBIYOLOJI BULTENI
, vol.50, pp.215-223, 2016 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)
2016
201650. Pediyatrik Hastalarda Nozokomiyal Kan Dolaşımı İnfeksiyonlarının Epidemiyolojik Özellikleri
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ULU KILIÇ A., Aydın G., ALP MEŞE E.
KLİMİK DERGİSİ , vol.29, pp.29-35, 2016 (Scopus, TRDizin)
2016
201651. In vitro Effectiveness of Commercial Bacteriophage Cocktails on Diverse Extended Spectrum Beta Lactamase Producing Escherichia coli Strains
Gündoğdu A., Bolkvadze D., Kılıç H.
Frontiers in Microbiology
, vol.1, no.1761, pp.1-8, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201652. Epidemiological features of nosocomial bloodstream infections in pediatric patients
Gündoğdu A., Kılıç H., Ulu Kılıç A., Aydın G., Alp Meşe E.
Klimik Dergisi
, vol.29, pp.29-35, 2016 (Scopus, TRDizin)
2016
201653. Human Being as a “Superorganism” Genetic Control of Microbiome
GÜNDOĞDU A.
Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi , vol.46, no.4, pp.147-151, 2016 (TRDizin)
2015
201554. Antibiyotik Çağı Sonunda Keşfedilen Yeni Dünyalar: Rezistom ve Mobilom
Gündoğdu A., Alp Meşe E.
FLORA INFEKSIYON HASTALIKLARI VE KLINIK MIKROBIYOLOJI DERGISI , vol.20, no.4, pp.167-173, 2015 (ESCI)
2013
201355. Extended-spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli in hospital wastewaters and sewage treatment plants in Queensland, Australia
Guendogdu A., JENNISON A. V., SMITH H. V., STRATTON H., KATOULI M.
CANADIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY
, vol.59, no.11, pp.737-745, 2013 (SCI-Expanded, Scopus)
2013
201356. Antibiotic resistant Staphylococcus aureus in hospital wastewaters and sewage treatment plants with special reference to methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA)
THOMPSON J. M., Guendogdu A., STRATTON H. M., KATOULI M.
JOURNAL OF APPLIED MICROBIOLOGY
, vol.114, no.1, pp.44-54, 2013 (SCI-Expanded, Scopus)
2012
201257. Prevalence and pathogenesis of extended-spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli causing urinary tract infection in hospitalized patients
Guendogdu A., LONG Y. B., KATOULI M.
EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY & INFECTIOUS DISEASES
, vol.31, no.11, pp.3107-3116, 2012 (SCI-Expanded, Scopus)
2011
201158. Antimicrobial resistance and distribution of sul genes and integron-associated intl genes among uropathogenic Escherichia coli in Queensland, Australia
Guendogdu A., LONG Y. B., VOLLMERHAUSEN T. L., KATOULI M.
JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY
, vol.60, no.11, pp.1633-1642, 2011 (SCI-Expanded, Scopus)
2011
201159. Population structure and uropathogenic virulence-associated genes of faecal Escherichia coli from healthy young and elderly adults
VOLLMERHAUSEN T. L., RAMOS N. L., Guendogdu A., ROBINSON W., BRAUNER A., KATOULI M.
JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY
, vol.60, no.5, pp.574-581, 2011 (SCI-Expanded, Scopus)
2010
201060. Prevalence and Persistence of Escherichia coli Strains with Uropathogenic Virulence Characteristics in Sewage Treatment Plants
ANASTASI E. M., MATTHEWS B., Gundogdu A., VOLLMERHAUSEN T. L., RAMOS N. L., STRATTON H., et al.
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY
, vol.76, no.17, pp.5882-5886, 2010 (SCI-Expanded, Scopus)
Papers Presented at Peer-Reviewed Scientific Conferences
2025
20251. DEPREM AFETI SONRASI KAHRAMANMARAŞ’TA İÇME SULARINDA GÖRÜLEN ARTAN BULANIKLIK SEVIYESININ SULARDAKI BAKTERIYEL YÜKLE İLIŞKISININ İNCELENMESI
MUTLU SARIGÜZEL F., GÜNDOĞDU A., BORLU A., Özbebek H. T., ORAK F., KAYA E., et al.
8. ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ, Antalya, Turkey, 19 November 2025, (Summary Text)
2023
20232. Klinik Apse Örneklerine Ait Anaerobik Bakteri Çeşitliliğinin Yeni Nesil Dizleme ve Konvansiyonel Yöntemler Üzerinden Karşılaştırmalı Olarak İncelemesi
Oskay M., MUTLU SARIGÜZEL F., Hora m., GÜNDOĞDU A.
7. Ulusal Klinik Mikrobiyolojı Kongresi 4. ulusal viroloji günleri 1-5 Kasım 2023, Bodrum, Turkey, 01 November 2023, vol.1, pp.46-48, (Summary Text)
2022
20223. Hematolojik Malignensisi Olan Hastalarda Karbapenem Dirençli Gram-olumsuz Enfeksiyonlar için Risk Faktörlerinin Belirlenmesi
DÖRTERLER S. M., ULU KILIÇ A., ZARARSIZ G., GÜNDOĞDU A., TÜRE YÜCE Z.
10. TÜRKİYE EKMUD BİLİMSEL KONGRESİ, Turkey, 25 May 2022, (Summary Text)
2021
20214. Detection of colistin resistant Klebsiella pneumoniae bacteria using surfaceenhanced Raman spectroscopy combined with machine learning
UYSAL F., Hora M., GÜNDOĞDU A., TOKMAKÇI M., AYDIN Ö.
BIO Türkiye Organizasyonu Uluslararası Biyoteknoloji Kongresi, Turkey, 9 - 11 September 2021, (Full Text)
2019
20195. De novo mutations in lipopolysaccharide biosynthesis pathways reveal thecolistin resistance mechanism in Acinetobacter baumannii strains
ULU KILIÇ A., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., ASLAN E.
29th ECCMID, 13 - 17 April 2019, (Full Text)
2019
20196. In silico discovery of antibiotic resistance patterns and artificialintelligence-based decision support systems for rational drug use
ULU KILIÇ A., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
29TH ECCMID, 13 - 16 April 2019, (Summary Text)
2019
20197. Atypical pathobiome of prosthetic joint infections revealed by hybrid approaches of shotgun metagenomics
ULU KILIÇ A., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., KAFADAR İ. H., GÜNEY A., KILIÇ H., et al.
29th ECCMID, 13 - 16 April 2019, (Full Text)
2019
20198. Patojenlerin Hızlı Tespitinde Gerçek Zamanlı Nanopor Dizileme Teknolojisinin Kullanımı
GÜNDOĞDU A., ULU KILIÇ A., TÜRE YÜCE Z., KILIÇ H., NALBANTOĞLU Ö. U.
7. TÜRKİYE EKMUD BİLİMSEL PLATFORMU, Antalya, Turkey, 03 April 2019, (Summary Text)
2019
20199. Mikrobiyom Çalışmalarında Laboratuvar Süreçleri ve Translasyonel Yaklaşımlar
GÜNDOĞDU A.
7. Pediatrik Probiyotik Prebiyotik Akademisi, Antalya, Turkey, 21 - 24 February 2019, pp.25-27, (Full Text)
2018
201810. The taxonomic origins of the antimicrobial resistance genes present in hot-spot environments.
HORA M., GÜNDOĞDU A., KILIÇ H.
38. Türk mikrobiyoloji cemiyeti kongresi, Antalya, Turkey, 4 - 08 November 2018, pp.21, (Full Text)
2018
201811. KAN KÜLTÜRÜNDE ÜREYEN RALSTONİA MANNİTOLİLYTİCA ÜZERİNE TÜM GENOM TEMELLİ BİR ÇALIŞMA :YAKIN ZAMANDA KAZANILMIŞ VİRÜLANS ADALARININ TESPİTİ
NALBANTOĞLU Ö., KILIÇ H., ULU KILIÇ A., HORA M., GÜNDOĞDU A.
38. Türk mikrobiyoloji cemiyeti kongresi, Antalya, Turkey, 4 - 08 November 2018, pp.39, (Full Text)
2018
201812. Potential antimicrobials fighting XDR-pathogens A study on the isolation and characterization of lytic bacteriophages effective on colistin resistance K. pneumoniae
GÜNDOĞDU A., ULU KILIÇ A., ARSLAN B., KILIÇ H.
ESCMID/ASM Conference on Drug Development to Meet the Challenge of Antimicrobial Resistance, 4 - 07 September 2018, (Summary Text)
2018
201813. Antimicrobial resistance, genomic and molecular epidemiologic analysis of Salmonella serovars in Hacettepe University Hospitals
Ünalan T., Demirci S., Eser Ö., GÜNDOĞDU A., Çakar A., Güleşen R., et al.
ESCMID/ASM Conference on Drug Development to Meet the Challenge of Antimicrobial Resistance, Lizbon, Portugal, 4 - 07 September 2018, pp.34, (Full Text)
2018
201814. Comparison of Gut Microbiota in Patients of Mild-Cognitive Impairment and Alzheimer’s Diseasewith Age and Sex Matched Normal Controls: A Multicenter Study.
NALBANTOĞLU Ö. U., Sezgin B., GÜNDOĞDU A., Koç F., GÖL M. F., Hanoğlu L., et al.
The 7th annual International Human Microbiome Consortium Meeting (IHMC2018), Killarney, Ireland, 26 - 28 June 2018, pp.165, (Full Text)
2018
201815. Limited sensitivity andenrichment bias of culture-based pathogen detection in intensive care unit enviroment revealed by metagenomic sequence
Gündoğdu A., Kilic H., Ulu Kilic A., Gündoğan K., Aslan E., Ufuk N.
ESCMID Madrid,Spain 21-24 april 2018, Madrid, Spain, 21 - 24 April 2018, pp.116, (Full Text)
2018
201816. Microbiome Network Analysis Reveals Highly Symbiotic Interaction of Core Metabolic Pathways
Taylan B., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress, Antalya, Turkey, 18 - 22 April 2018, pp.95, (Full Text)
2018
201817. Towards Microbiome-Based Liquid Biopsy: Oral Microbiota Harbors Highly Accurate Biomarkers of Lung Cancer
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., ÖNAL Ö., Önal M. G.
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress, Antalya, Turkey, 18 - 22 April 2018, pp.60-61, (Full Text)
2018
201818. Persistence of Microbial Communities in the Hospital Environment
Aslan-Gürpınar E., NALBANTOĞLU Ö. U., KILIÇ H., ULU KILIÇ A., GÜNDOĞAN K., GÜNDOĞDU A.
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress, Antalya, Turkey, 18 - 22 April 2018, pp.44, (Full Text)
2018
201819. Resistome
GÜNDOĞDU A.
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress, Antalya, Turkey, 12 - 22 April 2018, pp.2, (Full Text)
2018
201820. General Compositional Trends in Human Gut Microbiome: Diverse Phylogenetic Profiles Converge in Function According to Latent Structure Analysis
Elgun U. G., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress, Antalya, Turkey, 18 - 22 April 2018, pp.62, (Full Text)
2018
201821. Biomarkers of Diseases in Human Microbiome-Practice
GÜNDOĞDU A.
The 2nd International Congress on Human Microbiota and Health Effects, Antalya, Turkey, 18 - 22 April 2018, pp.37, (Full Text)
2018
201822. Turkish Microbes: Previously Non-Catalogued Genes Were Detected in the Gut Metagenomes of Turkish Individuals
Hora M., Yalçın K., GÜNDOĞDU A.
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress, Antalya, Turkey, 18 - 22 April 2018, pp.59, (Full Text)
2018
201823. Gut Microbiota Dysbiosis in Substance Use Disorders and Its Partial Recovery by Detoxification Treatment is Revealed by 16S rRNA Gene Deep Sequencing
Kargin M., Celebi E., NALBANTOĞLU Ö. U., GÜNDOĞDU A.
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress, Antalya, Turkey, 18 - 22 April 2018, pp.83, (Full Text)
2018
201824. Should Bacterial Etiologies Be Considered in Aseptic Loosening?
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., ULU KILIÇ A., KAFADAR I. H., GÜNEY A., KILIÇ H.
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress, Antalya, Turkey, 18 - 22 April 2018, pp.71, (Full Text)
2018
201825. Accurate Classification and Biomarker Discovery in Disease Microbiome Using a Novel De Novo Bioinformatics Approach
NALBANTOĞLU Ö. U., Yalçın K., GÜNDOĞDU A.
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress, Antalya, Turkey, 18 - 22 April 2018, pp.63, (Full Text)
2018
201826. Whole-genome sequencing reveals recently acquired virulence islands in Ralstonia mannitolilytica isolated from high-risk patients
NALBANTOĞLU Ö. U., KILIÇ H., ULU KILIÇ A., Hora M., GÜNDOĞDU A.
28th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases8th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Madrid, Spain, 21 April 2018, pp.1765, (Full Text)
2018
201827. Comparison of antimicrobial resistance-gene diversity in gut microbiome of healthy individuals from Turkey, Europe, America and China
GÜNDOĞDU A., Yalçın K., ULU KILIÇ A., Saka S., NALBANTOĞLU Ö. U.
28th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases8th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Madrid, Spain, 21 April 2018, pp.1512, (Full Text)
2018
201828. Mobil Kolistin Direncinin Türkiye Rezistom Ekosistemindeki İlk Sinyalleri: Besin Kaynaklı E. coli Suşlarında mcr-1 Geninin Tespiti
KUREKCI C., AYDIN M., NALBANTOĞLU Ö. U., GÜNDOĞDU A.
13. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, İstanbul, Turkey, 6 - 08 April 2018, pp.88, (Summary Text)
2018
201829. İnsan ve Çevre Mikrobiyomunda Rezistom-Mobilom Döngüleri
GÜNDOĞDU A.
13. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, İstanbul, Turkey, 6 - 08 April 2018, pp.20, (Full Text)
2018
201830. Atık ve Arıtılmış Sularda Karbapenem Dirençli Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz Üreten E. coli Üzerine Bir Çalışma
Aslan-Gülpınar E., GÜNDOĞDU A.
13. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, İstanbul, Turkey, 06 April 2018, pp.153, (Full Text)
2018
201831. Klinik Metagenomiğin Vaadleri ve Problemleri
GÜNDOĞDU A.
XIX. Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi, Antalya, Turkey, 28 - 31 March 2018, pp.1, (Full Text)
2018
201832. Oral mikrobiyomdan potansiyel karaciğer kanseri biyobelirteçlerinin Keşfi
Yalçın K., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
3. Yaşam Bilimleri Kongresi, Kayseri, Turkey, 24 - 25 February 2018, pp.1, (Full Text)
2018
201833. Nanogözenek DNA dizilemede kullanılan baz çağırma yazılımlarının performans analizi
Saka S., Hora M., Yalçın K., GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
3. Yaşam Bilimleri Kongresi, Kayseri, Turkey, 23 - 24 February 2018, pp.1, (Full Text)
2018
201834. Parkinson Hastalığında Bağırsak Mikrobiyomu Değişikliklerinin in silico incelenmesi
Hora M., Yalçın K., Saka S., NALBANTOĞLU Ö. U., GÜNDOĞDU A.
3. Yaşam Bilimleri Kongresi, Kayseri, Turkey, 23 - 24 February 2018, pp.1, (Full Text)
2017
201735. Metagenomik Analizler Üzerinden Sağlıklı İnsan Bağırsağındaki Rezistom Çeşitliliğinin Ortaya Çıkarılması
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., YALÇIN K.
4. Ulusal Klinik Mikrobiyoloji Kongresİ, Turkey, 8 - 12 November 2017, (Summary Text)
2017
201736. METAGENOMIK ANALIZLER ÜZERIDEN SAGLIKLI INSAN BAGIRSAGINDAKI REZISTOM ÇESITLILIGININ ORTAYA ÇIKARILMASI
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., Yalçın K.
4. Ulusal Klinik Mikrobiyoloji Kongresi, Antalya, Turkey, 8 - 12 November 2017, pp.208-209, (Full Text)
2017
201737. Kolistin Dirençli K. pneumoniae’ya Etkili Litik Bakteriyofaj İzolasyonu Ve Karakterizasyonu
GÜNDOĞDU A., ULU KILIÇ A., KILIÇ H., Arslan B.
4. Ulusal Klinik Mikrobiyoloji Kongresi, Turkey, 8 - 12 November 2017, (Summary Text)
2017
201738. Kültür Bağımlı ve Kültür Bağımsız Yöntemler İle Yoğun Bakım Ünitesi Çevresel Flora Analizi
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ULU KILIÇ A., Gürpınar E. A., NALBANTOĞLU Ö. U.
4. Ulusal Klinik Mikrobiyoloji Kongresi, Antalya, Turkey, 8 - 12 November 2017, (Summary Text)
2017
201739. Phage therapy: An alternative treatment option for bacterial infections caused by extensively-drug resistant pathogens
GÜNDOĞDU A.
International Conference and Expo on Clinical Virology and Infectious Diseases, Houston, United States Of America, 18 - 19 September 2017, pp.3, (Full Text)
2017
201740. Bacteriophage as an effective decolonizing agent for Staphylococcus aureus carriers
ULU KILIÇ A., GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ALP MEŞE E.
FEMS2017, 9 - 13 July 2017, (Summary Text)
2017
201741. A NEW COLISTIN RESISTANCE GENE HOMOLOGOUS FOUND IN WASTEWATER METAGENOME
GÜNDOĞDU A., Önal M. G., ULU KILIÇ A., NALBANTOĞLU Ö. U.
The 7th Congress of European Microbiologists (FEMS 2017), Valensiya, Spain, 9 - 13 July 2017, pp.1998, (Full Text)
2017
201742. Human Protozoan Parasite Diversity In Waste and Treated Water: An Environmental Metagenomics Analysis
GÜNDOĞDU A., CHARYEVA A., KILIÇ H., NALBANTOĞLU Ö. U.
7th Congress of European Microbiologists (FEMS2017), 9 - 13 July 2017, (Summary Text)
2017
201743. Antibacterial Activity of Nonwoven Cleaning Materials Treated with Silver Nanoparticles after New Developed Repeated Washing Process
ÇİNÇİK E., GÜNDOĞDU A., YILDIZ S. C.
Fiber Society 2017 Spring Conference, Aachen, Germany, 17 - 19 May 2017, pp.81, (Summary Text)
2017
201744. Rapid pathogen detection in ambiguous infections using real-time nanopore sequencing technology
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ULU KILIÇ A., NALBANTOĞLU Ö. U.
27th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 22 - 25 April 2017, (Summary Text)
2017
201745. An alternative vancomycin resistant enterococci decolonization strategy: bacteriophage therapy
ULU KILIÇ A., GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ALP MEŞE E.
27th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases7th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 22 - 25 April 2017, (Summary Text)
2017
201746. Molecular characterization of clinical Stenotrophomonas maltophilia isolates from a tertiary care hospital in Kayseri, Turkey
PARKAN Ö. M., KILIÇ H., GÜNDOĞDU A., ALP MEŞE E., TİMUR D., Ünaldı Ö., et al.
27th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), Viyana, Austria, 22 - 25 April 2017, pp.2910, (Full Text)
2017
201747. A high resistome diversity in a metropolitan hospital wastewater in Turkey revealed using shotgun metagenomics
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U., KILIÇ H.
27th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 22 - 25 April 2017, (Summary Text)
2017
201748. Bir Süper Organizma Olarak İnsan: Mikrobiyom ve Metagenom
GÜNDOĞDU A.
TÜBA-Mikrobiyota ve İnsan Sağlığı Sempozyumu, Ankara, Turkey, 10 April 2017, pp.1, (Full Text)
2016
201649. Plasmids with a potential of pandrug resistance coding found in human gut microbiome
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
The 6th annual International Human Microbiome Consortium Congress, Houston, United States Of America, 8 - 11 November 2016, pp.36, (Full Text)
2016
201650. Strain level pathogen detection in metagenomic samples using posterior profile corrections
NALBANTOĞLU Ö. U., GÜNDOĞDU A.
The 6th annual International Human Microbiome Consortium Congress, Houston, United States Of America, 8 - 11 November 2016, pp.41, (Full Text)
2016
201651. Komplike Deri ve Yumuşak Doku Enfeksiyon Etkeni Patojenlerin Standart-faj Duyarlılıkları
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., Kutateladze M., ULU KILIÇ A.
6. TÜRKİYE EKMUD KONGRESİ, Antalya, Turkey, 11 - 15 May 2016, pp.25, (Summary Text)
2016
201652. Kolistin Dirençli Gram-olumsuz Mikroorganizmaların Klinik ve Epidemiyolojisi: Hastanelerde Yeni Tehdit
GÜNDOĞDU A., ULU KILIÇ A., KILIÇ H., ALP MEŞE E.
6. TÜRKİYE EKMUD KONGRESİ, Antalya, Turkey, 11 - 15 May 2016, pp.37, (Summary Text)
2016
201653. Toplum Kaynaklı Üropatojenik Escherichia coli Kökenlerinde Patojenite Değerlendirilmesi
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ASTLEY D., KATOULİ M.
6. TÜRKİYE EKMUD KONGRESİ, Turkey, 11 - 15 May 2016, (Summary Text)
2016
201654. Standart bakteriyofaj kokteyllerinin VRE patojenlerine karşı in vitro aktivitelerinin araştırılması
ULU KILIÇ A., GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ALP MEŞE E.
6. TÜRKİYE EKMUD KONGRESİ, Antalya, Turkey, 11 - 15 May 2016, pp.20, (Summary Text)
2016
201655. Ayakta Hastalardan İzole Edilen Dirençli Shigella Kökenlerinde Sul/İnt gen Dağılımları
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., PARKAN Ö. M., Arslan B.
6. TÜRKİYE EKMUD KONGRESİ, Antalya, Turkey, 11 - 15 May 2016, pp.72, (Full Text)
2016
201656. Human as a source of colistin resistance: presence of the mcr-1 gene in the gut microbiome
GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
26th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Amsterdam, Netherlands, 9 - 12 April 2016, (Full Text)
2016
201657. Clonal diversity and virulence characteristics of UPEC strains with their adhesion capability on Caco-2 and A-498 cell lines
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., Astley D., KATOULI M.
26th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Amsterdam, Netherlands, 9 - 12 April 2016, pp.192, (Full Text)
2016
201658. Susceptibility of ESBL-producing Escherichia coli to commercial bacteriophage coctails originated in Georgia
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., Bolkvadze D.
26th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Amsterdam, Netherlands, 9 - 12 April 2016, pp.153, (Full Text)
2016
201659. Sewage treatment plants cause artifical selection of ESBL-producing E. coli threatening public health
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ALP MEŞE E.
26th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Amsterdam, Netherlands, 9 - 12 April 2016, pp.45, (Full Text)
2016
201660. Colistin resistant Gram negative pathogens lacking the mcr 1 gene isolated from clinical specimens of hospitalized patients in Turkey
GÜNDOĞDU A., ULU KILIÇ A., KILIÇ H.
26th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 9 - 12 April 2016
2016
201661. Bir üniversite hastanesinde çalışan yemekhane personelinde nazal Staphylococcus aureus taşıyıcılığı ve izolatların antibiyotik duyarlılıkları
DİNÇ G., KARACAGİL K., KILIÇ H., GÜNDOĞDU A., ALP E.
12. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, Turkey, 1 - 03 April 2016, pp.186
2016
201662. ATIK SU ARITMA SİSTEMLERİNİN GSBL-ÜRETEN E. COLI ÜZERİNE SEÇİCİ BASKISI; HALK SAĞLIĞI TEHLİKESİ?
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ALP MEŞE E.
12. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, İstanbul, Turkey, 1 - 03 April 2016, pp.141, (Full Text)
2016
201663. Yatan hastalardan izole edilen üropatojenik E coli izolatlarının virülens gen varlığı ve biyofilm formasyonu bakımından değerlendirilmesi
GÜNDOĞDU A., KATOULİ M., DİNÇ G., PARNİAN F., KILIÇ H.
12. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, İstanbul, Turkey, 1 - 03 April 2016, pp.239
2016
201664. Klinik S. maltophilia İzolatlarında sul ve intI Genlerinin Dağılımının Araştırılması ve PFGE Yöntemi ile Klonal Yakınlıklarının İncelenmesi
PARKAN Ö. M., KILIÇ H., GÜNDOĞDU A., ALP MEŞE E., TİMUR D., BERK E., et al.
12. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, İstanbul, Turkey, 1 - 03 April 2016, pp.162, (Full Text)
2016
201665. Kayseri Bölgesinde Soyutlanan Salmonella Serovarlarının Dağılımı ve Antimikrobiyal Duyarlılıkları
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ULU KILIÇ A., PARKAN Ö. M., TÜRE YÜCE Z.
12. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, İstanbul, Turkey, 1 - 03 April 2016, pp.224-225, (Full Text)
2016
201666. GÜRCİSTAN'DA KLİNİKTE KULLANILAN BAKTERİYOFAJ KOKTEYLLERİNİN GSBL ÜRETEN E.COLI PATOJENLERİNE KARŞI İN VİTRO AKTİVİTELERİNİN ARAŞTIRILMASI
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., Bolkvadze D.
12. Antimikrobik Kemoterapi Günleri, İstanbul, Turkey, 1 - 03 April 2016, pp.232, (Full Text)
2015
201567. Bacterial contamination rate of PRF in standart room air 2nd International congress on stem cell and cellular therapies
DİNÇ G., KILIÇ H., GÜNDOĞDU A., KASIM K., ALP MEŞE E.
7TH EURASIAN CONGRESS, 30 September - 03 October 2015, (Full Text)
2015
201568. Virrulance Factors and Biofilm Formation of Uropathogenic E coli Isolated from Hospitalized Children and Adults
GÜNDOĞDU A., MOHAMMAD K., KILIÇ H., DİNÇ G., FATEMEH P.
The 7th EURASIA CONGRESS OF INFECTIOUS DISEASES, 30 September - 03 October 2015, (Full Text)
2015
201569. Epidemiology of nosocomial Infections in Turkish Pediatric Patients: A 1-Year Retrospective Study
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ULU KILIÇ A., Aydin G., ALP MEŞE E.
The 7th EURASIA CONGRESS OF INFECTIOUS DISEASES, Tiflis, Georgia, 30 September - 03 October 2015, pp.161, (Full Text)
2015
201570. Evaluation of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae Prevalence and Their Carbapanem Resistance Rates in Blood Cultures of a Cohort of Turkish Patients
DİNÇ G., KILIÇ H., GÜNDOĞDU A., Karacagil K., ALP MEŞE E.
The 7th EURASIA CONGRESS OF INFECTIOUS DISEASES, Tiflis, Georgia, 30 September - 03 October 2015, pp.121, (Full Text)
2015
201571. Ası Irmağı İle Belediye Atık/Arıtılmış Su Örneklerinde Enterobacterıacea’ların Varlığı ve Antibiyotik Duyarlılıklarının Belirlenmesi
KÜREKCİ C., YİPEL M., GÜNDOĞDU A.
Hatay’ın Çevre Sorunları ve Çözüm Önerileri Sempozyumu, Turkey, 28 - 30 May 2015, (Summary Text)
2015
201572. Pediatrik Kan Dolaşımı Enfeksiyonları: Epidemiyoloji ve Antibiyotik Duyarlılıkları
GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ALP MEŞE E., PARKAN Ö. M., ULU KILIÇ A.
10. ANKEM Kongresi, Girne, Cyprus (Kktc), 6 - 10 May 2015, pp.150, (Full Text)
2017
201773. ÇOCUK VE YETISKIN HASTALARIN KAN KÜLTÜRLERINDEN IZOLE EDILEN DIRENÇLI
Şen İ., GÜNDOĞDU A., KILIÇ H.
4. Ulusal Klinik Mikrobiyoloji Kongresi, Antalya, Turkey, 08 November 2017 - 12 November 1017, (Summary Text)
Books
2022
20221. Metagenomik Analizler
Gündoğdu A.
in: Moleküler Mikrobiyoloji Tanı ve Epidemiyoloji, Barış OTLU,Özgen ESER,Rıza DURMAZ, Editor, Akademisyen Yayınevi Kitabevi, Ankara, pp.215-235, 2022
2021
20212. Jenerik probiyotik terapinin çıkmazı ve kişiselleştirilmiş probiyotik ihtiyacı
Gündoğdu A.
in: TIP VE MÜHENDİSLİK BAKIŞ AÇISIYLA PROBİYOTİKLER VE PREBİYOTİKLER, Prof. Dr. Zeynep Dilek HEPERKAN / Prof. Dr. Zeynep Çiğdem KAYACAN, Editor, İstanbul Aydın Üniversitesi Yayınları, İstanbul, pp.107-118, 2021
2020
20203. Mikrobiyom Verisinin Biyoinformatik Analizi
Gündoğdu A., Nalbantoğlu Ö. U.
in: Microbiota, Probiotics and Rational Nutrition, Prof Dr Mustafa Altındiş, Editor, Nobel Yayın Dağıtım, Ankara, pp.93-109, 2020
2020
20204. SARS-CoV-2 İçin Tüm Genom Dizileme ve Filogenetik Analiz
GÜNDOĞDU A.
in: Mikrobiyoloji ve COVID-19, , Editor, Türkiye Klinikleri Yayınevi, pp.50-56, 2020
Funded Projects
2016 - Present
2016 - PresentAlzheimer Hastalığı ile İntestinal Mikrobiyomun Potansiyel İlişkisinin Metagenomik Analizlerle Değerlendirilmesi
TUBITAK Project , 1001 - Program for Supporting Scientific and Technological Research Projects
KÖSEOĞLU E. (Executive), GÜNDOĞDU A., NALBANTOĞLU Ö. U.
2024 - 2026
2024 - 2026
Deprem afeti sonrası Kahramanmaraş’ta içme sularında görülen artan bulanıklık seviyesinin sulardaki bakteriyel yükle ilişkisinin ve suyu kullanan halk üzerindeki etkisinin incelenmesi
TUBITAK Project , 1001 - Program for Supporting Scientific and Technological Research Projects
(Project Abstract)
Mutlu Sarıgüzel F. (Executive), Nalbantoğlu Ö. U., Gün İ., Orak F., Gündoğdu A., Borlu A.
2023 - 2026
2023 - 2026Developing an artificial intelligence-based diagnostic method based on oral microbiome for non-invasive diagnosis of lung cancer
TUBITAK Project , 1001 - Program for Supporting Scientific and Technological Research Projects
Gündoğdu A. (Executive), Nalbantoğlu Ö. U., Önal Ö., Baran Ketencioğlu B., Oral A.
2023 - 2025
2023 - 2025Çoklu ilaca dirençli gram negatiflerin etken olduğu üriner sistem enfeksiyonlarında bakteriyofaj tedavisinin etkinliğinin araştırılması
R&D Project of Group B
Gündoğdu A., Ulu Kılıç A. (Executive), Nalbantoğlu Ö. U., Demirtaş A., Sezer Z., Ölmez H.
2023 - 2024
2023 - 2024Deniz Ekosisteminde Metagenomik Analizler Ve Biyobelirteç Tabanlı İzleme Ile Musilaj Oluşum Potansiyelinin Araştırılması
TUBITAK Project , 1002 - Quick Support Program
Gündoğdu A., Aslan H., Karış G.(Executive)
2023 - 2023
2023 - 2023İnsan Kaynaklı Probiyotik Adaylarının İzolasyonu Ve Tüm Genom Analizleriyle Karakterizasyonu
TUBITAK Project , 1002 - Quick Support Program
Gündoğdu A., Nalbantoğlu Ö. U. (Executive)
2021 - 2023
2021 - 2023Fare Modelinde T-Reg Kaynaklı Eksozomların Multiple Skleroz Ve Psoriazisde Önleyici Ve Tedavi Edici Etkilerinin Araştırılması
TÜBİTAK International Multi-Cooperation Project , ERA.NET Project
(Project Abstract)
NALBANTOĞLU Ö. U., AKALIN H., GÖNEN Z. B., YAY A. H., DOĞAN M. E., BORLU M., et al.
2019 - 2023
2019 - 2023Yakın alan elektroeğirme NFES tekniğiyle iyonik polimerbornitrürMFe2O4LiPr3 kompozit liflerinin hazırlanması ve kirli suların kimyasal ve biyolojik arıtımında kullanımı
Project Supported by Higher Education Institutions , BAP Research Project
SAÇMACI Ş. (Executive), GÜNDOĞDU A., DEMİRDÖĞEN R. E., OCAKOĞLU K., EMEN F. M., SAÇMACI M., et al.
2016 - 2023
2016 - 2023
Hastane ve kentsel atık/arıtılmış su metagenomunda de nova mikrobiyal çeşitlilik rezistom virülom ve mobilom analizlerinin yapılması
Project Supported by Higher Education Institutions , BAP Research Project
GÜNDOĞDU A. (Executive), KÜREKÇİ C., KILIÇ H., NALBANTOĞLU Ö. U.
2021 - 2022
2021 - 2022
Marmara Denizi Musilaj Mikrobiyomunun Shotgun Metagenom Dizileme ile Ortaya Çıkarılması ve Mikrobiyom Ağında Anahtar Unsur Olabilecek Potansiyel Mikroorganizmaların Araştırılması
TUBITAK Project , 1001 - Program for Supporting Scientific and Technological Research Projects
(Project Abstract)
GÜNDOĞDU A. (Executive), ONUK A. E., ASLAN H., NALBANTOĞLU Ö. U.
2020 - 2021
2020 - 2021Pirol Karbazol Temelli Yeni 1,3,4-Oksadiazol Türevlerinin Sentezi ve Anti-Bakteriyel Aktivitelerinin İncelenmesi
TUBITAK Project , 1002 - Quick Support Program
Gündoğdu A., Şengül İ. F., Sağlam M. F.(Executive)
2019 - 2021
2019 - 2021Üç Boyutlu Biyo-Yazıcı Teknolojisi ile Fonksiyonel Canlı Biyomürekkep ve Kişiye Özgü Yara Örtüsü Üretimi
TUBITAK Project , 1003 - Priority Areas R&D Projects Support Program
Gündoğdu A., Ölmez H., Yıldızhan Y., Çetin Y., Büke A. Ç., Kahveci M. Ü.
2017 - 2021
2017 - 2021Klinik Numunelerden İzole Edilen Karbapenem Dirençli Klebsiella pneumoniae Kökenlerinin Rektal Sürüntü Kökenleri ile Karşılaştırılması
Project Supported by Higher Education Institutions , BAP MSc
KILIÇ H. (Executive), GÜNDOĞDU A., AKMAN N.
2019 - 2020
2019 - 2020Allojenik kemik iliği nakli sonrası gelişen bağırsak Graft Versus Host Hastalığında fekal transplantasyonun etkinliği
Project Supported by Other Private Institutions
Can Sezgin G. (Executive), Gürsoy Ş., Kaynar L., Gündoğdu A.
2017 - 2019
2017 - 2019Ortopedik Protez Enfeksiyon Mikrobiyotasının Metagenomik Yöntemlerle De Novo Incelenmesi
TUBITAK Project , 1001 - Program for Supporting Scientific and Technological Research Projects
GÜNDOĞDU A. (Executive)
2017 - 2019
2017 - 2019Kolistin Dirençli Gram-Negatif Patojenlerde Direnç Kazanım Paternlerinin Tüm Genom Dizi Analizleriyle Ortaya Çıkarılması
TUBITAK Project , 3001 - Initial R&D Projects Support Program
ULU KILIÇ A. (Executive), GÜNDOĞDU A., KILIÇ H., ALP MEŞE E., NALBANTOĞLU Ö. U.
2016 - 2019
2016 - 2019Yoğunbakım Ünitelerinde Mikrobiyom Bulaş Ağının Çıkarımı İçin Hesaplamalı Kaynak İzsürümü Yöntemlerinin Araştırılması Ve Geliştirilmesi
TUBITAK Project , 3501 - National Young Researcher Career Development Program
NALBANTOĞLU Ö. U. (Executive), GÜNDOĞDU A., ALP MEŞE E., ULU KILIÇ A., COŞKUN R.(Executive), ÖZTÜRK C.
2016 - 2017
2016 - 2017Nanogözenek DNA Dizilemesi Ile Hızlı Patojen Tanıma Yapabilen Algoritmaların Geliştirilmesi
TUBITAK Project , 1002 - Quick Support Program
NALBANTOĞLU Ö. U. (Executive), GÜNDOĞDU A.
2014 - 2015
2014 - 2015
Hastane atık sularının karıştığı şehir kanalizasyon sisteminin arıtma öncesinde ve sonrasında GSBL üreten E. coli ve pandemik O25-ST131 klonu bakımından taranması
TUBITAK Project
GÜNDOĞDU A. (Executive), KILIÇ H., ALP MEŞE E.
Patent
2024
2024Microorganisms converting inositol to butyrate
Patent
Pending / Applied, The Invention Recourse Number: EP/22185855.8 , Standard Registration
2023
2023BAĞIRSAK MİKROBİYOMUNDAN ALZHEİMER HASTALIĞININ TEŞHİSİ İÇİN MİNİMAL BİYOBELİRTEÇLER VE İLGİLİ YENİ NESİL DİZİLEME KİTİ
Patent
Registered / Approved, The Invention Registration Number: 2018 18373 , Standard Registration
2022
2022BİR MİKROBİYAL GEN TANIMLAMA YÖNTEMİ, BU YÖNTEMİN KULLANILDIĞI TANIMLAMA KİTİ VE SİROZA İLİŞKİN BİYOBELİRTEÇLER
Patent
Registered / Approved, The Invention Registration Number: 2017 21166 , Standard Registration
Memberships and Roles in Scientific Organizations
2021 - Present
2021 - PresentTÜRK MİKROBİYOLOJİ CEMİYETİ
Board Member
2020 - Present
2020 - PresentSAĞLIK BİLİMLERİ ARAŞTIRMA GRUBU
Executive Board Member
2018 - 2020
2018 - 2020SAĞLIK BİLİMLERİ ARAŞTIRMA GRUBU
Member of Advisory Board
Congress and Symposium Activities
01 February 2019 - 01 February 2019
01 February 2019 - 01 February 20197. Pediatrik Probiyotik Prebiyotik Akademisi
Invited Speaker
Antalya-Turkey
01 December 2018 - 01 December 2018
01 December 2018 - 01 December 2018Probiyotiklerin Mühendislik ve Klinik Uygulamaları
Invited Speaker
İstanbul-Turkey
01 November 2018 - 01 November 2018
01 November 2018 - 01 November 2018Febril Nötropeni Mezuniyet Sonrası Eğitim Kursu
Invited Speaker
Ankara-Turkey
01 November 2018 - 01 November 2018
01 November 2018 - 01 November 2018XXXVIII TMC Kongresi
Invited Speaker
Antalya-Turkey
01 April 2018 - 01 April 2018
01 April 2018 - 01 April 201813. Antimikrobik Kemoterapi Günleri
Invited Speaker
İstanbul-Turkey
01 April 2018 - 01 April 2018
01 April 2018 - 01 April 2018
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress
Invited Speaker
Antalya-Turkey
01 April 2018 - 01 April 2018
01 April 2018 - 01 April 2018
2nd International Human Microbiota: In health and diseases congress
Invited Speaker
Antalya-Turkey
01 March 2018 - 01 March 2018
01 March 2018 - 01 March 2018XIX. Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi
Invited Speaker
Antalya-Turkey
01 September 2017 - 01 September 2017
01 September 2017 - 01 September 2017
International Conference and Expo on Clinical Virology and Infectious Diseases
Invited Speaker
Texas-United States Of America
01 April 2017 - 01 April 2017
01 April 2017 - 01 April 2017TÜBA-Mikrobiyota ve İnsan Sağlığı Sempozyumu
Invited Speaker
Ankara-Turkey
01 December 2016 - 01 December 2016
01 December 2016 - 01 December 2016