DEVELOPMENT OF NEW HYBRID ALGORITHMS USING DNA MICROARRAYS FOR EARLY CANCER DIAGNOSIS


Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2019

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ARTEE ABUDAYOR

Danışman: Mustafa Danacı

Özet:

Günümüzde, özellikle son yıllarda Kanser daha fazla insan ölümüne sebep olmuştur. Bu nedenle, konunun ilgisi, kanser ve milyonlarca genin ekspresyon seviyesini analiz eden DNA mikrodizinini kullanarak insanlara yardım edebilmektir. Bu, farklı haberci ribonükleik asit (mRNA) sentezi olan ve hastalıkları teşhis etmek, tümörleri tanımlamak, hastalığa karşı koymak için en iyi tedaviyi seçmek ve diğer işlemler arasında mutasyonu tespit etmek için kullanılan bir hücre molekülü sunar.

a)  Özgün değeri

DNA mikroarray teknolojisi, kanser çalışmalarında hastalık sonucunun öngörülmesi için yaygın olarak kullanılmıştır (Wei vd., 2004). Bu anlamda, özellik seçimi ön işleme, hangi genlerin tahminde bulunacağına karar vermeyi ifade eder ve bir sınıf tahmininin geliştirilmesinde çok önemli bir adımdır. Çok fazla özellik eklemek, model doğruluğunu azaltabilir ve verilerin aşırıya kaçmasına yolaçabilir (Ransohoff 2004). Özellikle kanserin doğru sınıflandırılması, kanser tedavisi için çok önemlidir.

b)  Yöntemi

Kanser sınıflandırmada çok nesneli özellik seçimi için keşif ve sömürü dengelemeli hibrit algoritma. Filtr, sarıcı ve özellik seçimi için hibrit yönteme dayalı hesaplama zamanı, hızlı olması, sınıflandırma doğruluğunu maksimize ve özellik sayısını minimize etmesi gereken üç ana amaca sahiptir.

c)  Yönetimi

Araştırma ekibi gerekli ön çalışmaları yapacak ve keşif ve sömürü dengelemeli ve yüksek performanslı deneye dayalı hibrit algoritma tasarlayacaktır. Ayrıca, onları kanser sınıflandırması için özellik seçimine uygulanacaktır. Bu nedenle, sınıflandırma doğruluğu yüksek performans elde ederse, bazı hastaları teşhis edecek kanser hastası olur ya da olmaz.

d)  Yaygın etki

Kanser sınıflandırma için özellik seçimi literatürü bazı algoritmaların düşük arama mekanizmasına, düşük global arama veya erken yakınsamaya sahip olduğunu göstermektedir. Üstelik, mikroarray verileri, çok sayıda gen ile karşılaştırıldığında nispeten az sayıda örneğe sahiptir. Numunedeki genin büyük kısmı, gereğinden fazla olduğundan, diferansiyel olarak eksprese edilmediğinden ve hastalığa özel olmadığından, faydalı bilgiler içermezler. Problemin geliştirilmesinden sonra, kanserin doğru sınıflandırılmasının iyileştirilmesi için hibrit algoritma geliştirilecektir. Kanser sınıflandırması için hibrit algoritma özellik seçiminin geliştirilmesi konusunda bilgili olarak çalışacak olan doktora öğrencilerine farklı bir bakış açısı sunulacaktır.