Sığır dışkı ve karkaslarından Clostridioides difficile'nin izolasyonu ve elde edilen izolatların moleküler karakterizasyonu
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, VETERİNERLİK MİKROBİYOLOJİSİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: EMRAL FEVZİ AHMED
Danışman: Seçil Abay
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada, sığır dışkı, karkas ve kesimhane materyallerinden C. difficile'nin izolasyonu ve elde edilen izolatların moleküler karakterizasyonu amaçlandı. Bu amaçla, 100 adet sığır dışkı, 100 adet sığır karkas yüzey örneği ve 20 adet kesimhane örneği (10 kesimhane çalışma alanı yüzey örneği ve 10 atık su) olmak üzere toplam 220 örnek materyal olarak kullanıldı. C. difficile izolasyonu için, C. difficile moxolactam-norfloxacin (CDMN) buyyon ve CDMN agar kullanıldı. Elde edilen izolatların; identifikasyonu, fenotipik ve moleküler (PCR, tpi geni) testler ile, tcdA ve tcdB toksin genleri yönünden analizi, mPCR ile, genotiplendirilmesi ise Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) ile gerçekleştirildi. İncelenen 100 adet sığır dışkı örneğinin 11 (%11)'i ve kesimhane örneklerinin 1 (%5)'i olmak üzere toplam 12 (% 5.45) örnek C. difficile yönünden pozitif bulundu. Karkas örneklerinin tamamı ise C. difficile yönünden negatif olarak saptandı. 10 dışkı izolatı ve 1 kesimhane atık suyu izolatı olmak üzere toplam 11 (% 91.66) izolat, tcdA ve tcdB genlerinin varlığı yönünden pozitif bulunurken, 1 dışkı izolatı her iki toksin geni yönünden negatif saptandı. İzolatların genotiplendirme sonuçlarına göre, 11 dışkı izolatında 3 farklı ERIC-PCR profili elde edildi. Kesimhane atık suyu izolatına ait ERIC-PCR profilinin, dışkı izolatlarında elde edilen ERIC profillerinden birine benzer olduğu saptandı. Sonuç olarak, etkenin sporlu olması ve dışkı ile saçılımı göz önünde bulundurulduğunda, çalışmada toksin geni taşıyan ve farklı genotiplere sahip C. difficile izolatlarının saptanmasının, etkeni taşıyan dışkı ve kesimhane atık suyunun, kesimhanede karkasların kontaminasyonu açısından risk oluşturabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca kesimhanelerde hijyen koşullarının azami ölçüde yerine getirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: tcdA, tcdB, Clostridioides difficile, sığır dışkı, sığır karkas