Evaluation of multiplex PCR platform for screening carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae from rectal swabs
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: THOWIBA YOUSIF JAMEEL
Danışman: PINAR SAĞIROĞLU, ABDURRAHMAN AYVAZ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu araştırmanın amacı, Klebsiella pneumoniae'yi teşhis etmek için en uygun, en hızlı ve doğru yöntemleri bulmak ve hastanede yatan hastalardan alınan 48 rektal sürüntüden izole edilen bu bakterilerde karbapenem direncinin varlığını araştırmaktır. Bu çalışma Erciyes Üniversitesi Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapılmıştır. Klebsiella pneumoniae tanısı ve tespiti için geleneksel rutin kültürel yöntemler BD MAX gerçek zamanlı PCR sistemi ile karşılaştırıldı. BD MAX kontrol noktası CPO test kiti kullanılarak beş karbapenem direnç geni (blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP and blaVIM) incelenmiştir. Rektal swap örneklerinden bakteri kültürleri için Chromagar KPC ve MacConkey agar kullanıldı. Antibiyotik duyarlılık testi (AST) için 10 μg Ertapenem, Imipenem ve Meropenem disklerle disk difüzyon yöntemi kullanıldı. MİK tayini için Phoenix sistemi kullanılırken, Klebsiella pneumoniae tanımlaması için biyokimyasal testler yapıldı. BD MAX sistemini kullanarak 48 izolattan 29'unun yukarıda belirtilen 5 direnç geni ile pozitif sonuç verdiğini, 29'unun 28'inin biyokimyasal testler sonucunda Klebsiella pneumoniae olduğunu belirledik. Bu gen kombinasyonlarının dağılımına bakıldığında, toplam 28 Klebsiella pneumoniae izolatından 17'sinin (% 58.62) blaOXA-48 pozitif sonuç verdiği görüldü. blaOXA-48 ve blaNDM genlerini bir arada taşıyan izolat sayısı (blaOXA-48 + blaNDM 4 (% 13.79), (blaOXA-48 + blaVIM / blaIMP) sayısı 3 (% 10.34), (blaOXA-48 + blaNDM + blaVIM / blaIMP) gen kombinasyonunu taşıyan izolatların sayısındaki gibidir. 1 (% 3,45) izolatta sadece bir blaNDM geni tespit edilmiştir. Direnç genleri açısından taranan izolatların hiçbirinde blaKPC geni gözlenmedi. Phoenix BD sistemi ile 28 Klebsiella pneumoniae pozitif izolatından 10'unun 19 farklı antibiyotiğe dirençli olduğu ve çoklu ilaç direnci gösterdiği de gösterilmiştir. Bulgularımız, BD MAX CPO testinin kullanıma uygun olduğunu, yüksek doğrulukta ve kısa sürede karbapenemaz genlerinin hızlı tespitini sağladığını ve hızlı tanı ve tespit yoluyla antibiyotik direncinin yayılmasını azaltmaya yardımcı olduğunu göstermiştir. Ancak rutin laboratuvarlarda diğer antibiyotik direnç mekanizmalarının belirlenmesinde yetersiz kaldığı görülmüştür. Bu çalışma, Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından FYL-2019-9331 proje kodu ile desteklenmiştir. Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, BD MAX, PCR, blaKPC, blaOXA-48, blaNDM, blaIMP, blaVIM, Ertapenem, Imipenem, Meropenem, Carbapenem Resistance