Rutenyum(II) aren komplekslerinin elektron konformasyonel-genetik algoritma (EC-GA) metodu ile farmakofor modellemesi ve 4D QSAR analizi


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2013

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: SEVTAP ÇAĞLAR

Danışman: Emin Sarıpınar

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada, rutenyum(II) aren komplekslerinin türevlerine ait molekül serisi için sorumlu farmakofor grubunun belirlenmesi ve bileşik serisinin nicel biyoaktivite tahmini tarafımızdan geliştirilen Elektron Konformasyonel-Genetik Algoritma (EC-GA) 4D-QSAR metodu kullanılarak yapılmıştır. Kuantum kimyasal hesaplamalar HF 3-21 G* metodu kullanılarak (sulu ortamda) yapıldıktan sonra yük, bağ derecesi, kartezyen koordinatları ve konformasyon analiz bilgilerinden faydalanılarak serideki bileşiklerin bütün konformerleri için Elektron Konformasyonel Uygunluk Matrisleri (ECMC) hazırlanmıştır. EMRE programı kullanılarak ECMC?ler belirli tolerans değerleri içerisinde karşılaştırılıp rutenyum(II) aren kompleksleri için aktiviteden sorumlu farmakofor grubu bulunmuştur. Seride aktivitiye en fazla etkisi olan alt parametre setini seçmek ve teorik aktivite değerlerini hesaplamak için EMRE yazılımı içinde olan genetik algoritma ve doğrusal olmayan en küçük kareler (Isqnonlin) yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca bileşikler eğitim ve test seti olarak sınıflandırılarak modellerin doğruluğu çapraz doğrulama ve istatistiksel olarak yapılmıştır. Bu çalışmada iki farklı set ile hesaplamalar yapılmıştır. Model 1 için R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 ve con3 değerleri sırasıyla 0.817, 0.868, 0.718, 0.867, 0.849, 0.895, 0.895, 0.930, 0.905; model 2 için R2eğitim, q2, con1 ve con3 değerleri sırasıyla 0.880, 0.839, 0.935, 0.935tir. Anahtar Kelimeler: QSAR; rutenyum(II) aren kompleksleri; ilaç tasarımı; farmakofor; elektron konformasyonel metot; genetik algoritma.