Tavuklarda Dermanyssus gallinaenın Moleküler Karakterizasyonu ve Salmonella spp Yönünden Vektörlük Potansiyellerinin Moleküler Olarak Araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Zekiye Koçer
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Alparslan YILDIRIM
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada, Kayseri yöresinde bir yumurta tavukçuluğu işletmesinde enfestasyona yol açan Dermanyssus gallinae popülasyonuna ait nesillerin filogenetik yapılanmaları ve Salmonella spp. enfeksiyonlarının nakli açısından risk potansiyelleri moleküler olarak araştırılmıştır. Araştırma materyalini 2014 yılının Temmuz ayında ilgili işletmeden laboratuvara getirilmiş 8 adet ölü tavuk üzerindeki akar örnekleri oluşturmuştur. Tavukların üzerinden ve konuldukları poşetler içerisinden toplam 2750 adet akar örneği toplanmıştır. Toplanan akarlar morfolojik olarak D. gallinae olarak identifiye edilmiş ve gelişim dönemlerine göre 1920 adet ergin (%69,81), 785 adet nimf (%28,45) ve 45 adet larva (%1,63) olmak üzere kategorize edilmiştir. Moleküler ve filogenetik analizler için mithocondrial cytochrome oxidase subunit I (mt-COI) ve ribozomal internal transcribed spacer (ITS+) hedef gen bölgeleri olarak belirlenmiştir. Her gelişim dönemini kapsayacak şekilde örneklerden genomik DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve akabinde genomik DNA izolatlarının ilgili gen bölgeleri yönünden primer çiftleriyle PCR analizleri gerçekleştirilmiştir. Her iki gen bölgesi için ergin, nimf ve larva dönemlerine ait toplam 7'şer izolata ait amplikon sekans ve filogenetik analizler için klonlanmış ve plazmid pürifikasyonları gerçekleştirilmiştir. Plazmidler vektör spesifik primerlerle sekans analizine tabii tutulmuş ve hedef gen bölgesi dizilimleri elde edilmiştir. Mt-COI sekans analizleri 6 yeni haplotipin varlığını ortaya koymuş olup bu haplotiplerin E, F ve A haplogruplarında yer aldıkları ve aralarında ortalama %11,3 genetik farklılık bulunduğu saptanmıştır. ITS+ filogenisine göre izolatlar arasındaki genetik farklılık %0,3 belirlenmiş olup filogenetik çözünürlük düşük olmakla birlikte izolatların 3 filogenetik grup (Tip 1-3) içerisinde kümelendikleri tespit edilmiştir. Çalışmada ayrıca ITS+ gen bölgesi analizleriyle D. gallinae olduğu konfirme edilen bir izolatın mt-COI sekans analizleriyle sığır DNA'sına ait olduğu saptanmış ve barınak ortamında D. gallinae'nin sığırlardan kan emerek beslenebildiğine dair özgün veri sağlanmıştır. Diğer yandan çalışmada D. gallinae gelişim dönemleri bazında oluşturulmuş toplam 38 genomik DNA havuzunun 9 (5 ergin, 3 nimf ve 1 larva havuzu) 'unda (%23,7) Salmonella spp. 16S rRNA gen bölgesini parsiyel olarak amplifiye eden primerlerle PCR analizleri sonucu pozitiflik belirlenmiştir. Pozitif belirlenen ergin havuzlarına ait iki izolat 16S rRNA sekans ve blastn analizleri sonucu S. enterica subsp. enterica serovar Enteritidis olarak karakterize edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez D. gallinae nesillerinin moleküler karakterizasyonları sağlanmış ve filogenetik yapılanmaları ortaya konmuş ve Salmonella enfeksiyonlarında vektörlük potansiyelleri açısından oluşturdukları risk faktörleri üzerine özgün bilimsel veriler sağlanmıştır.