NEVŞEHİR BÖLGESİNDE SATIŞA SUNULAN TAVUK KARKASLARINDAN İZOLE EDİLEN ALİARCOBACTER SPP.'NİN MOLEKÜLER TİPLENDİRİLMESİ VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARININ BELİRLENMESİ
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, VETERİNER BESİN HİJYENİ VE TEKNOLOJİSİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ÖMER TOLGA YILMAZ
Danışman: Harun Hızlısoy
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu tezde; Nevşehir bölgesinde farklı satış yerlerinden, 2022 yılı Nisan, Mayıs ve Haziran aylarında toplanan toplamda 100 adet (25 adet tavuk kanat, 25 adet bütün tavuk, 25 adet tavuk but ve 25 adet tavuk göğüs eti) tavuk karkas örneğinde Aliarcobacter spp. izolasyonu ve identifikasyonu, tespit edilen izolatların seçilen antibiyotiklere duyarlılıkları, virülens genlerinin tespiti, izolatların genetik ilişkilerinin belirlenmesi ve belirlenen A. butzleri izolatının genetik yapısının tüm genom dizileme yöntemi ile ortaya konması hedeflenmiştir. Bu çalışmada, tavuk karkaslarından elde edilen Aliarcobacter'lerin tür seviyesinde izolasyonu ve identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. Fenotipik tanımlama yöntemleriyle Aliarcobacter spp. olarak belirlenen izolatlar, multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (mPCR) ile doğrulanmıştır. Antibiyotik duyarlılığı Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle test edilmiş ve izolatların virülens faktörleri PCR yöntemiyle saptanmıştır. İzolatların moleküler tiplendirilmesinde Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) yöntemi tercih edilmiştir. Ayrıca, seçilen bir A. butzleri izolatının genetik yapısı tüm genom dizileme yöntemi ile incelenmiş olup, kapsamlı bir genetik analiz yapılmıştır. Bu çalışmada, 100 adet tavuk karkası örneğinin 64'ünün (%64), Aliarcobacter spp. ile kontamine olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen 64 izolatın; 57ʼsi (%89) A. butzleri, 7'si (%11) A. cryaerophilus olarak belirlenmiş, A. skirrowii ise tespit edilememiştir. Gerçekleştirilen antibiyotik duyarlılık testlerinde, A. butzleri olarak identifiye edilen izolatların; %38,6 enrofloksasin, %10,5 tetrasiklin, %47,4 florfenikol, %91,2 klindamisin, %14,0 gentamisin ve kanamisin, %50,9 eritromisin, %87,7 aztreonam, %93 rifampin, %57,9 kloramfenikol, %33,3 azitromisin ve %96,5 linezolid direncinin gelişmiş olduğu görülmüştür. A. cryaerophilus olarak identifiye edilen izolatların; %28,6 enrofloksasin, kloramfenikol, azitromisin, tetrasiklin ve florfenikol, %42,9 kanamisin ve gentamisin, %71,4 eritromisin, rifampin ve linezolid, %57,1 klindamisin ve %85,7 aztreonam direncinin gelişmiş olduğu görülmüştür. A. butzleri yönünden pozitif bulunan izolatların virulenslerinde rol oynayan genlerin tespitinde ise, toplam 57 izolatın; 6'sında (%10,5) irgA, 1'inde (%1,5) hecB, 57'sinde (%100) mviN, 49'unda (%89) pldA ve 36'sında (%56,2) tlyA genlerine rastlanmıştır. A. cryaerophilus yönünden pozitif bulunan izolatların virulenslerinde rol oynayan genlerin tespitinde ise, toplam 7 izolatın; 2'sinde (%28,5) irgA, 7'sinde (%100) mviN ve 6'sında (%85,7) pldA genlerine rastlanmıştır. Tüm genom dizileme analizi, Aliarcobacter izolatında çeşitli antibiyotik direnç genlerinin varlığını ortaya koymuştur. Tespit edilen genler arasında; β-laktamaz genleri (CTX-M-151, CARB-45, blaB-28, OXA-296, ADC-128, SGM-4, AIM-1, cphA5 ve GOB-34), tetrasiklin direnç genleri (tet(X3), tet(47) ve tet(E)) ile makrolid-linkozamid-streptogramin direnç genleri (ermB, lsaC ve optrA) yer almaktadır. Buna ek olarak, aminoglikozid direnç genleri olan aac(6'), aadA25, aac(3), ANT(4')-IIB ve arr-2 de tespit edilmiştir. Genom ayrıca glikopeptid direnç genleri (VanI, VanH ve vanTC), florokinolon direnci ile ilişkili genler (patA, acrB, MexB, MexF, smeB) ve kolistin direnç geni olan eptA'yı da içermektedir. Bununla birlikte efluks pompası ile ilişkili genler (sfh-1, fhuE, acnB, smeB, hypF, yhes), fosfomisin direnci (fusC) ve metisilin direnci (mecA) ile ilişkili genler de belirlenmiştir. Bunların yanı sıra, düzenleyici veya metabolik yollarda rol oynayan tamamlayıcı genler olan recD2, secA, priA, carB, GlyS ve mtlD'nin varlığı da saptanmıştır. Bu çalışma, Nevşehir'de satışa sunulan tavuk karkaslarında potansiyel olarak bulunan Aliarcobacter spp. olarak tanımlanan bakterilerin antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi, virülensle ilgili genlerinin ve izolatlar arasındaki genetik ilişkilerin tespit edilmesi, ve seçilen A. butzleri izolatının tüm genom dizilemesi yapılarak güncel bilgiler sağlaması açısından önem taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: Aliarcobacter spp.; Genotiplendirme; Tavuk karkas; Tüm genom dizileme; Virülens genler