Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SAFFET TEBER
Danışman: Kahraman Gürcan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Kayısı (Prunus armeniaca) zengin besin içeriği ve sevilen aroması ile insan diyetinin önemli gıdalarından biridir. Özellikle Türkiye için sosyal ve ekonomik olarak önemli olan tarımsal ürünlerden biridir. Son 20 yılda meyve ve orman ağaçları gibi birçok odunsu bitki dâhil, bitkisel ve hayvansal organizmanın genomu dizilenmiştir. Bu çalışmada Türkiye'nin en önemli kayısı çeşidi olan Hacıhaliloğlu'nun genom analizleri yapılmıştır. Illumuna dizileme teknolojileri ile Çift-Uç okumaları gerçekleştirmiştir. K-mer analizi yapılmış kaysı genomumun yaklaşık 270 milyon nükleotid uzunluğunda olduğu belirlenmiştir. Çift-Uç okumalarından Hacıhaliloğlu çeşidinde kayısı genom büyüklüğünün 472 katı (472X) okuma gerçekleştirilmiştir. Ayrıca 4 ve 10 kilobaz (kb) uzunluğunda kütüphaneler kurularak Eş-Çift okumaları ve PacBio dizileme gerçekleştirilmiştir. Hacıhaliloğlu 4 ve 10 kb uç okumalarından toplamda 382X okuma gerçekleştirilmiştir. PacBio sistemi ile yine Hacıhaliloğlu kayısı çeşidi için 100X okuma gerçekleştirilerek toplam okuma kapsamı 954X olmuştur. Okumalar birleştirilerek önce kontigler daha sonra skafoldlar oluşturulmuş, kayısı genom büyüklüğüne denk gelen toplamda 270 milyon uzunlukta 4516 skafold elde edilmiştir. Elde edilen okumalar düzenlenip, GenBank'a kaydedildikten sonra kayısı çalışmalarında birçok özelliğin çalışılmasında kaynak olacaktır. Anahtar Kelimeler: Kayısı, Tüm genom analizi, Plum Pox Virus, Şarka