Bacillus türlerinin kodladığı iturin ve surfaktin genlerinin klonlanması ve biyoinformatik analizlerle karakterize edilmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SÜMEYYE TEMİZGÜL
Danışman: Semih Yılmaz
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bacillaceae familyasının en büyük grubu olan Bacillus cinsi içerisindeki bakteriler ısıya dayanıklı, endospor üreten ve tarımsal alanda kullanılabilen etkili suşlar içermektedir. Bacillus türlerinin kodladığı surfaktin, iturin ve fengisin gibi lipopeptitler emülsifiye edici, köpürtücü, antiviral ve antimikoplazma özellik gösteren biyolojik kontrol ajanlarıdır. Zararlı bakteriler, mantarlar, nematodlar, parazit bitkiler ve virüsler gibi çeşitli patojenlerle mücadelede lipopeptitler etkin olarak kullanılmaktadır. Mikrobiyal kontrolün sağlanmaya çalışıldığı ve fungusidik özellik gösteren çeşitli sekonder metabolitlerin etkili gen bölgelerinin tespit edilmesi ve ifadelerinin artırılmasının sağlandığı bu araştırmada Bacillus amyloliquefaciens SY35-3 suşu kullanılmıştır. İturin, surfaktin ve fengisin lipopeptitlerinin sentezlenmesini sağlayan ppTase gen bölgesi önce biyoinformatik olarak analiz edilmiş, sonrada PCR ve HPLC analizleri ilede teyit edilmiştir. Bu doğrultuda Bacillus amyloliquefaciens SY35-3 suşuna ait sfp gen bölgesi Escherichia coli DH5α suşuna transforme edilmiş ardından oluşan rekombinant plasmit Bacillus amyloliquefaciens SY35-3 suşuna tekrar aktarılarak homolog ekspresyon yapılmıştır. Klonlama sonrasında protein ifade seviyeleri HPLC analizi ile tespit edilmiş ve toplam protein içeriğinde yaklaşık 6,56 (ppm) kat artış belirlenmiştir. Toplam protein miktarı rekombinant plasmit taşıyan ve IPTG ile indüklenmiş Bacillus amyloliquefaciens SY35-3 suşunda en yüksek değerde bulunmuştur. SDS-PAGE ile protein bantları arasında anlamlı farklılıklar belirlenmiştir (p<0.05). Antifungal aktivite ölçümleri ise fide çürüklüğü yapan iki adet Fusarium türüne karşı in-vitro olarak değerlendirilmiş ve her iki fungusta da %28 oranında radyal büyüme inhibisyon oranı tespit edilmiştir.