Nevşehir Yöresindeki Atlarda Strongylus vulgarisin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Mehmet Bilgin
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Alparslan YILDIRIM
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:NEVŞEHİR YÖRESİNDEKİ ATLARDA STRONGYLUS VULGARIS'İN MOLEKÜLER PREVALANSI VE FİLOGENETİK KARAKTERİZASYONU Mehmet BİLGİN T.C. Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü Veteriner Parazitoloji Anabilim Dalı Yüksek Lisans Tezi, Ekim 2017 Danışman: Prof. Dr. Alparslan YILDIRIM ÖZET Bu çalışmada Nevşehir yöresindeki atlarda strongyle enfeksiyonlarının ve S. vulgaris prevalansının sırasıyla konvansiyonel dışkı muayenesi ve real time PCR yöntemleri ile ortaya çıkarılması ve belirlenen izolatların moleküler karakterizasyonlarının yapılması amaçlanmıştır. Çalışmada, 2016 yılının Mart-Haziran ayları arasında Nevşehir'in farklı bölgelerindeki çiftliklerde bulunan toplam 150 arap atından tekniğine uygun olarak dışkı örnekleri toplanmıştır. Laboratuvarda dışkı örnekleri strongyle yumurtaları yönünden analiz edilmiş ve pozitif belirlenen örneklerde gram dışkıdaki yumurta sayısı (EPG) belirlenmiştir. Strongyle pozitif örneklerden yüzdürme yöntemi ile yumurta süspansiyonları elde edilmiş ve genomik DNA izolasyonları yapılmıştır. Örneklerde genomik DNA izolasyon etkinliği rRNA PCR analizleri ile belirlenmiştir. Yumurta pozitif örneklerde S. vulgaris'in araştırılması amacıyla ribozomal ITS-2 gen bölgesini hedef alan standart TaqMan prob bazlı ve bu çalışma ile yeni geliştirilen sybergreen tabanlı real time PCR analizleri gerçekleştirilmiştir. Çalışmada incelenen atların 98'inde sytrongylid yumurtaları belirlenmiş ve strongyle enfeksiyonlarının prevalansı %65,3 olarak tespit edilmiştir. Yumurta pozitif atlarda ortalama EPG değeri 551,9±119,9 bulunmuştur. Her iki real time PCR analizinde strongyle yumurta pozitif 98 atın 19'unun S. vulgaris için spesifik amplifikasyon gösterdiği belirlenmiş ve ilgili nematodun moleküler prevalansı %12,7 olarak saptanmıştır. S. vulgaris pozitifliği tespit edilen örneklere ait ITS-1/5.8S rRNA amplikonlarından Ct değerlerine göre seçilenler sekans ve filogenetik analizler amacıyla klonlanmıştır. Bu amaçla S. vulgaris koloni real time PCR analizleri ile amplifikasyon gösteren ve göstermeyen 10'ar koloni belirlenmiş ve rekombinant plazmid pürifikasyonu yapılmıştır. Rekombinant plazmitlerin sekans analizleri sonucu S. vulgaris için iki haplotipin varlığı belirlenmiş ve filogenetik analizler sonucu S. vulgaris'in ilgili gen bölgesine göre diğer tüm strongylid türlerden genetik olarak daha uzak olduğu saptanmıştır. S. vulgaris amplifikasyonu göstermeyen rekombinant plazmidlerin sekans analizleri ile Cyathostominae aile altındaki küçük strongyle türlerinden C. nassatus, C. ashworthi ve Cy. tetracanthum'a ait oldukları belirlenmiş ve bu türlere ait haplotiplerin tür bazlı olarak monofiletik küme oluşturdukları görülmüştür. Sonuç olarak bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez atlarda enfeksiyona yol açan strongyle türleri üzerine moleküler veriler sağlanmış ve S. vulgaris'in moleküler prevalansı belirlenmiştir. Anahtar kelimeler: Strongylus vulgaris, moleküler prevalans, filogenetik karakterizasyon, at, Nevşehir