SARS-CoV-2 proteinlerinin anlatımını yapan memeli hücrelerinin yüzeyde zenginleştirilmiş raman saçılması ile incelenmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, NANOBİLİM VE NANOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MÜNEVVER AKDENİZ
Danışman: Ömer Aydın
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:SARS-CoV-2, 2019 yılının sonlarına doğru ortaya çıkarak COVID-19 olarak adlandırılan akut solunum yolu hastalığına sebep olmuştur. COVID-19, nükleik asit testleri ve serolojik testler kullanılarak tespit edilmektedir. Fakat bu testlerin pahalı olması, uzun zaman alması ve yanlış negatif sonuçlar vermesi dezavantaj oluşturmaktadır. Plazmonik nanoyapıların numune ile etkileşimi sonucu Raman sinyallerini güçlendiren yüzeyde zenginleştirilmiş Raman saçılması (YZRS) ile bu dezavantajlar giderilebilir. Bu tez çalışmasında YZRS ile SARS-CoV-2 virüsünün yapısal proteinleri kullanılarak virüs tespitinin yapılabilirliğinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, memeli hücre hattına (HEK293) virüsün M, N ve E protein kodlarını taşıyan plazmitler transfekte edilerek hücresel bir model oluşturulmuştur. Plazmitlerin %50'nin üzerinde memeli hücrelerine transfekte olduğu floresan mikroskop görüntüleri ve akış sitometrisi sonuçları ile doğrulanmıştır. Plazmitlerin proteine eksprese olduğu Western Blot ile incelenmiş ve transfekte edilen hücrelerden proteinler izole edilerek altın nanoparçacık ve CuSO4 kullanılarak hazırlanan YZRS substratı ile proteinlerin spektrumları toplanmıştır. Tez çalışmasının ikinci kısmında virüsün kendisiyle çalışmak zor olduğu için laboratuvar ortamlarında oluşturulmuş yapısında M, N, S, ACE2, VSVG proteinlerini bulunduran virüs benzeri parçacıklar (VLP) ile yapısında S, ACE2, VSVG proteini bulunduran pseudovirüsler kullanılmıştır. VLP ve pseudovirüslerin altın substrat kullanarak YZRS spektrumları toplanmış ve PCA ile grupların sınıflandırmaları yapılmıştır.