Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Ömer Türkmen
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Önder DÜZLÜ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışma, Kayseri yöresindeki sığırlardan toplanmış ixodid kenelerde Anaplasma phagocytophilum'un Real Time PCR'la araştırılması ve pozitif izolatların 16S rRNA gen bölgesi yönünden karakterize edilmesi amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenen TYL-2014-5506 kodlu araştırma projesi kapsamında, Nisan-Eylül 2015 tarihleri arasında araştırma yöresindeki sığırlardan toplanmış toplam 265 ergin ixodid keneden (60 Rhipicephalus (Boophilus) annulatus, 21 Haemaphysalis parva, 53 Hyalomma marginatum, 32 H. anatolicum, 36 H. excavatum, 30 H. detritum, 25 Rh. turanicus, 8 Rh. bursa) genomik DNA ekstrakte edilmiştir. DNA ekstraksiyonunu takiben 16S rRNA gen bölgesinin yaklaşık 641 bp'lik kısmını amplifiye eden Anaplasma phagocytophilum spesifik primerlerle nested PCR analizleri yapılmıştır. Real Time PCR'la bireysel olarak incelemesi yapılan örneklerden bir Hyalomma marginatum ve bir Rhipicephalus turanicus örneğinde pozitiflik saptanmıştır. Pozitif izolatlara (TRAphagHmar ve TRAphagRtur) ait amplikonlar nested PCR primerleri ile klonlanmış ve plasmid pürifikasyonundan sonra sekans analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen DNA dizilerinin GenBank kayıtları gerçekleştirilmiş (KU925346-KU925347) ve GenBank'ta kayıtlı mevcut diğer bazı A. phagocytophilum suşları ile ikili analizleri ve çoklu hizalamaları yapılarak filogenisi araştırılmıştır. Filogenetik analiz sonucu Kayseri yöresindeki sığırlardan toplanmış Hyalomma marginatum ve Rhipicephalus turanicus örneklerinde belirlenen A. phagocytophilum izolatları ile Dünya'dan ve Türkiye'den daha önce GenBank'a girilmiş izolatların 3 ana dalda (A, B ve C kümeleri) kümelendikleri belirlenmiştir. A ve B gruplarındaki A. phagocytophilum izolatlarının homolog oldukları, C grubunda yer alan izolatların ise kendi aralarında ortalama %0,2'lik genetik farklılığın bulunduğu belirlenmiştir. Gruplar arasındaki genetik farklılıklara bakıldığında; A grubundaki izolatların B grubundakilerle %10,8±2,0, C grubundakilerle ise %13,0±2,7; B grubundaki izolatların C grubundaki izolatlarla arasındaki ortalama genetik farklılık %13,8±2,8 saptanmıştır. TRAphagHmar ve TRAphagRtur izolatlarının kendi aralarında %100 identik oldukları tespit edilmiştir. TRAphagHmar ve TRAphagRtur izolatlarının, Türkiye'den daha önce girilmiş ve Ixodes ricinus kenelerinden elde edilmiş 9-08 (AB604782), 73-08 (AB604783) ve 208-08 (AB604784) izolatlarıyla (C grubunda) arasındaki genetik farklılığın sırasıyla %0,09, %0,05 ve %0,58 olduğu tespit edilmiştir. Türkiye'den daha önce girilmiş ve koyun ve keçilerden elde edilmiş UK 40 (KJ183079), C139 (KF459965), EKY 144 (JF807995) ve EKY 155 (JF807994) izolatlarıyla (C grubunda) TRAphagHmar ve TRAphagRtur izolatları arasındaki genetik farklılık ise %0,09 saptanmıştır. A grubunda yer alan ve Türkiye'den sığır, köpek ve Haemaphysalis sulcata ile türü belirtilmemiş keneden girilmiş Trbrt45 (KP745629), 10100 (JN656375), H116 (KF034787) ve HS56 (KJ195692) izolatlarıyla TRAphagHmar ve TRAphagRtur arasındaki genetik farklılık da ilk üç izolat için %13,26 ve sonuncu HS56 izolatı için ise %13,66 olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışma ile Kayseri yöresindeki sığırlardan toplanmış kene örneklerinde A. phagocytophilum'un moleküler yaygınlığı ve genetik karakterleri hakkında bilimsel veriler elde edilmiştir.