Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, --, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2012
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ABDULLAH ERHAN AKKAYA
Danışman: Mustafa Danacı
Özet:
Proteinler, mikro büyüklükten makro büyüklüğe kadar bütün organizmaların hayati bileşenidir. Amino asit adı verilen daha küçük yapılar peptit bağları ile birbirine bağlanarak protein zincirlerini oluşturmaktadırlar. Bu zincirler hücre içerisinde en düşük enerji seviyesini teşkil edecek şekilde doğal durumuna katlanarak, proteini meydana getirmektedirler. Proteinin her bir katlanması ?konformasyon? adını almaktadır. Proteinin yanlış katlanması sonucu organizma içerisinde Alzheimer, kistik fibrozis ve hatta kanser gibi birçok hastalık meydana gelmektedir. Proteine ait amino asit diziliminden, alt katlanma yolları takip edilerek proteinin katlanacağı doğal yapının tahmin edilmesi ?protein katlanması problemi? olarak bilinmektedir. Bu çalışmada daha önce geliştirilen 2D-HP (iki boyutlu hidforobik-polar) modeli referans alınarak Yapay Arı Koloni (ABC) ve Diferansiyel Gelişim (DE) algoritmaları ile minimum enerji seviyesine sahip alt konformasyonlar araştırılmıştır.Bu tez çalışmasında ABC ve DGA, 2D-HP modeli ile 4 protein zinciri (Benchmark zinciri) üzerinde uygulanmıştır. Bu uygulamalar sonucundaki performanslara göre parametrelerin başarılı bir şekilde optimize edildiği ABC ve DGA'nın, MC ve GA'ya olan bariz üstünlüğü gözlemlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Protein Katlanması Problemi, Yapay Arı Koloni Algoritması, Diferansiyel Gelişim Algoritması, 2D-HP Modeli.