Mapping of newly developed genomic simple sequence repeat markers to lentil (Lens culinaris Medik.) genome


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: BRIAN WAKIMWAYI KOBOYI

Danışman: Melike Bakır

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Mercimek (Lens culinaris ssp. culinaris), 4063 Mbp haploid genom boyutuna sahip, otogam ve diploid (2n = 2x = 14) bir serin iklim baklagilidir. Ekonomik önemi, zengi protein içeriğine sahip olmassı nedeni ile insanlar ve hayvanlar için önemli bir gıda kaynağı olmasından kaynaklanmaktadır. Aynı zamanda kök nodülasyonu ve azot fiksasyonu için Rhizobia bakterileri ile olan simbiyotik ilĢkisi nedeni ile toprak verimliliği için de oldukça önemlidir. Bu tez çalıĢmasında, Saskatchewan Üniversitesi/Canada'da EstonxPI320937'nin melezlenmesi ile oluĢturulan ve 71 F7 RIL hattını içeren LR-39 populasyonu kullanılarak mercimekte yeni geliĢtirilen SSR markörlerinin mercimek genomuna moleküler haritalanması amaçlanmıĢtır. Toplamda, 100 SSR markörü kullanılmıĢ, bunlardan 12 adedinin polimorfizm gösterdiği belirlenmiĢve bağlantı haritalaması için kullanılmıĢtır. Bağlantı analizi sonucunda, 10 asdet SSR markörünün toplam uzunluğu 19.2cM olan iki bağlantı grubuna (LG) eĢleĢtiği belirlenmiĢtir. Bağlantı gruplarından LG-1, 8 markörden oluĢmuĢ ve 4.8cM'lık bir alanı kaplamıĢ, LG-2 ise 2 markörden oluĢmuĢ ve 14.4cM uzunluğunda bir alanı kaplamıĢtır. Polimorfizm gösteren 12 SSR marköründe 2 adedi bağlantı göstermemiĢtir. Mercimek genomunun 7 kromozomundan 2'sini kapsayan bu harita mercimek genomunu kısmen temsil ediyor olsa da, ileride yürütülecek haritalama çalıĢmaları ve markör destekli seleksiyon çalıĢmaları için kullanılabilir niteliktedir. Anahtar Kelimeler: Mercimek, Bağlantı haritası, Simple Sequence Repeats, Recombinant Inbred Lines