NÜKLEOTİT DİZİLERİNİN YAPAY ARI KOLONİ ALGORİTMASI İLE KÜMELENMESİ

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2016

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Hüseyin Aktaş

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Celal ÖZTÜRK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Geçmişten günümüze kadar hayatını sürdüren bütün organizmalar kendi jenerasyonuna ait kalıtsal bilgileri ileriki jenerasyonlara aktarmayı nükleik asitlerle sağlamıştır. Zaman ile kalıtsal bilgileri taşıyan nükleik asitleri incelemek, analiz etmek ve özellikle de birbiri ile kıyaslayabilmek için birçok yöntem ve metot sunulmuştur. Nükleik asit dizilerini (DNA, RNA) kıyaslayabilmek ve benzerliklerini bulmak için sunulan yöntemlerden bir tanesi de kümeleme analizi yöntemidir. Nükleotit dizilerinin kıyaslanmasında birçok grafiksel ve sayısal gösterim önerilmiştir. Bu dizileri kümeleyebilmek için FASTA formatında dizinin özünü en uygun şekilde gösteren sayısal bir gösterim tercih edilmiştir. Tez kapsamında öncelikle uygun nükleotit (DNA) dizilerinden oluşan veri setleri seçilerek deneyler yapılmıştır. Daha sonra sayısallaştırılmış nükleotit dizileri K-means, PSO, ABC, PSO+K ve ABC+K algoritmaları kullanılarak kümelenmiştir. Son olarak da ABC algoritması diğer algoritmalarla kümeleme performansı bakımından kıyaslanmıştır. Değerlendirme kriteri dikkate alındığında seçilen sayısal gösterim kullanılarak yapılan kümeleme sürecinde ABC yöntemi, nükleotit dizilerini kümeleme performansı açısından diğer algoritmalardan daha iyi olduğunu göstermiştir.