Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, VETERİNERLİK PARAZİTOLOJİSİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SONER DEMİRPOLAT
Danışman: Önder Düzlü
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada, Kayseri yöresindeki sahipli ve sahipsiz kedilerden toplanan dışkı örneklerinde Toxocara cati'nin moleküler olarak araştırılması ve filogenetik analizlerinin gerçekleştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, 2019-2020 yılları arasında 115 kediden toplanan örnekler, Toxocara cati varlığı yönünden mikroskobik ve moleküler olarak incelenmiştir. Dışkı örneklerinden genomik DNA ekstraksiyonunu takiben izolatların moleküler prevalansının ve filogenetik karakterlerinin ortaya konulması için mt-COI gen bölgesininin 426 bp'lik kısmını amplifiye eden primerlerle PCR analizleri gerçekleştirilmiştir. Mt-COI gen bölgesinin PCR analizlerinde pozitif belirlenen ve uygun konsantrasyonda olan izolatlardan seçilmiş amplikonlar aynı primerlerle sekans analizine tabii tutulmuş ve hedef gen bölgesi dizilimleri elde edilmiştir. Sekans kromotogramları De Novo Assemble üzerinden işlenerek izolatlara ait konsensüs sekanslar elde edilmiştir. İlgili sekanslar GenBank veri tabanında Blastn analizlerine tabii tutularak moleküler identifikasyonları sağlanmış ve filogenetik analizler için elde edilen izolatlara ait sekansla birlikte Türkiye'den ve Dünyanın farklı ülkelerinden GenBank veri tabanına kaydedilmiş T. cati, T. canis, T. vitulorum ve Toxascaris leonina izolatlarını içeren 24 sekanstan oluşan mt-COI data seti oluşturulmuştur. Data set içerisinde haplotip çeşitliliği, inter ve intra spesifik nükleotid farklılıkları DnaSP ve Mega X üzerinden Tamura-Nei modeli ile analiz edilmiştir. Filogenetik ağaç oluşturulmasında Maximum Likelihood (ML) analizleri 1000 tekrarlı bootstrap kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Çalışmada, Kayseri yöresinden toplanan 115 dışkı örneğinin mikroskobik olarak 17'sinde (%14,8), moleküler olarak ise 21'inde (%18,3) T. cati pozitifliği tespit edilmiştir. Filogenetik analizlerde, Kayseri yöresindeki kedilerden izole edilen T. cati izolatları arasında ERUTcat1, ERUTcat3, ERUTcat12, ERUTcat30 ve ERUTcat34 olmak üzere beş haplotip saptanmış ve bu izolatların T. cati grubu içerisinde üç farklı dalda kümelendikleri belirlenmiştir. Beş haplotip arasında toplam dokuz nokta mutasyonu tespit edilmiştir. Ortalama haplotip diversitesi 1.000±0,126 olarak belirlenmiştir. ERUTcat1, ERUTcat3, ERUTcat12, ERUTcat30 ve ERUTcat34 arasındaki genetik benzerlik %98,2-99,7 bulunmuştur. Kayseri yöresindeki kedilerden izole edilen T. cati izolatlarıyla dünyadaki diğer T. cati izolatları arasında ise ortalama %1,1±0,3 genetik farklılık saptanmıştır. Toxocara cati, T. canis, T. vitulorum ve T. leonina grupları arasındaki genetik farklılık incelendiğinde; T. cati ile T. canis arasında %13,0±2,0, T. cati ile T. vitulorum arasında %9,6±1,7, T. cati ile T. leonina arasında ise %9,7±1,7 genetik farklılık görülmüştür. Sonuç olarak, bu çalışmayla Kayseri yöresindeki kedilerden izole edilen T. cati türlerinin moleküler prevalansı ve mt-COI gen bölgesinin moleküler karakterleri ortaya çıkarılmış, dünyadaki benzer izolatlarla filogenetik yakınlıkları belirlenmiş ve mt-COI gen bölgesi yönünden Türkiye'den ilk GenBank kayıtları (MW094215-MW094219) gerçekleştirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Toxocara cati, moleküler prevalans, filogenetik karakterizasyon, Kayseri