Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, --, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: GHAITH ADIL ABDULHAMEED ABDULHAMEED
Danışman: Ali Irfan Ilbaş
Özet:
IN VITRO PATHOGENICITY OF Pseudomonas savastanoi ISOLATED FROM OLIVE TREES IN IRAQ ON FRUITS OF VARIOUS PLANT SPECIES AND THEIR MOLECULAR CHARACTERISATION
Ghaith Adil ABDULHAMEED
Erciyes University, Graduate School of Natural and Applied Sciences
M.Sc. Thesis, January 2023
Supervisor: Prof. Dr. Ali İrfan İLBAŞ
ABSTRACT
The present study was carried out to determine the pathogenicity of Pseudomonas savastanoi on carrots and some other fruits, and to characterize the isolates using molecular methods. Pathogenic Pseudomonas savastanoi bacterial samples were collected from olive trees with olive knot after a field survey of olive trees from around Duhok province in Iraq. The study period was determined to include the beginning of March until the end of May, when after collecting the samples and transferring the samples to the laboratory and growing them on culture media. The samples were cultured on Blood agar, MacConkey agar and Cetrimide agar mediums for the diagnosis of Pseudomonas savastanoi and further studies. After activation, bacteria were inoculated on the carrots and other fruits of plants such as, lemons, beans, local apples and commercial apples. These fruits were subjected to the same environmental conditions of humidity, temperature and incubation period.
Results revealed that infection symptoms not appeared on the fruits after bacterial exposure. However, only some of the carrots were found to be infected after 13 days of incubation. On the other hand, when the incubation period was prolonged to 20 days, all the carrots samples were infected. Bacteria were re-isolated from infected carrots and some basic microscopic, phenotypic and biochemical tests including oxidase, catalase and urease were performed on them. In addition, VITEK2 system were used for determining the isolates in species level. Also, PCR and RT-PCR and sequencing of 16S rRNA were performed to detect possible mutations .
Key words: Pseudomonas savastanoi, 16S r RNA,, RT-PCR, VITEK2, Sequencing.
IRAK'TA ZEYTİN AĞAÇLARINDAN İZOLE EDİLEN Pseudomonas savastanoi BAKTERİSİNİN ÇEŞİTLİ BİTKİ TÜRLERİNİN MEYVELERİ ÜZERİNDE İN VİTRO PATOJENİSİ VE MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU
Ghaith Adil ABDULHAMEED
Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü.
Yüksek Lisans Tezi, Ocak 2023
Danışman: Prof. Dr. Ali İrfan İLBAŞ
ÖZET
Bu çalışma, Pseudomonas savastanoi bakterisinin havuç ve bazı bitkisel meyveler üzerindeki patojenitesinin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu amacıyla yapılmıştır. Patojenik Pseudomonas savastanoi bakteri örnekleri, Irak'ın kuzey bölgesinde yer alan Dohuk ili çevresindeki zeytin dal kanseri bakterisi ile enfekte olmuş zeytin ağaçlarından toplanmıştır. Mart-Mayıs dönemi numunelerin alınıp laboratuvara nakledilmesi ve kültür ortamında yetiştirilmesi dönemdir. Örnekler, Pseudomonas savastanoi tanısı için Blood agar, MacConkey agar ve Cetrimide agarlarda kültüre alınmıştır. Bakteriler aktive edildikten sonra havuç ve limon, fasulye, yerel elma ve ticari elma bitkilerin meyvelerine bakteri aşılaması yapılmıştır. Bu meyveler nem, sıcaklık ve inokülasyon süresi bakımından aynı çevresel koşullara tabi tutulmuştur.
Çalışmanın bu kısmı sonucunda, meyvelerde bu bakteri ile herhangi bir enfeksiyon belirtisi görülmediği, ancak 13 günlük inkübasyondan sonra sadece bazı havuçların bu bakteri ile enfekte olduğu tespit edilmiştir. Inkubasyon süresi 20 güne kadar uzatıldığında ise bakterilerin tüm havuç örneklerini enfekte ettiği gözlenmiştir. Enfekte olan havuçlardan bakteriler tekrar izole edilmiş ve bu izolantlar üzerinde oksidaz, katalaz ve üreaz dahil olmak üzere tüm önemli bazı biyokimyasal, mikroskobik, fenotipik testler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, bakteri izolatları, bakteri türünü belirlemek için VITEK2 sisteminde kullanılan bir cihazla analize tabi tutulmuştur. Daha sonra bu bakteriler üzerinde PCR, RT-PCR ve 16S rRNA dizilemesi yapılarak mutasyonlar belirlenmeye çalışılmıştır.
Anahtar Kelimeler: Pseudomonas savastanoi, 16S rRNA, RT-PCR, VITEK 2, Sequencing.