Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, KİMYA ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2010
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ERSİN YANMAZ
Danışman: Emin Sarıpınar
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada Penisilin türevi bileşiklerin antimikrobiyal aktivitesinden sorumlu farmakofor gruplarının belirlenmesi ve bileşik serilerinin nicel aktivite tahmini elektron konformasyonel genetik algoritma (EC-GA) metodu kullanılarak yapılmıştır. Bunun için genel amaçlı farmakofor grubunu, moleküler tanımlayıcılar (parametreler) ve aktivite hesaplamaları için kişisel bilgisayarlarda çalışan kapsamlı bir 4D-QSAR program paketi (EMRE, ECSP ve Aktivite kodları) geliştirilmiştir. Çalışmanın ilk kısmında, serilerdeki her bir bileşiğin konformasyonel analiz ve kuantum kimyasal hesaplamaları PM3 metodu ile yapılmıştır. Bu hesaplamalar sonucunda elde edilen verilerden yararlanılarak EMRE programı ile her bir konformer için üç boyutlu elektron konformasyonel uygunluk matrisleri (ECMC) hazırlanmıştır. Daha sonra ECSP programı ile bu matrisler belirli tolerans değerlerinde karşılaştırılarak aktiviteden sorumlu olan farmakofor grup yani elektron konformasyonel alt matris (ECSA) belirlenmiştir. Penisilin serisinde bileşiklerin her bir konformeri için 646 moleküler parametre EMRE programı ile hazırlanmıştır. PAB aktivitelerine etki eden en önemli parametre gruplarının belirlenmesi ve teorik aktivite değerlerini bulmak için genetik algoritma ve doğrusal olmayan en küçük kareler (lsqnonlin) yöntemi kullanılmıştır. Penisilin türevlerinde seriler eğitim ve test seti olmak üzere sınıflandırılarak optimizasyonu yapılmıştır. Bu çalışmada üç farklı set ile hesaplamalar yapılmıştır. Bu setler için regrasyon katsayısıları eğitim seti için sırasıyla 0.852, 0.897 ve 0.862; test seti için sırasıyla 0.822, 0.881 ve 0.886 bulunmuştur. Bu setler için çapraz doğrulama katsayıları ise sırasıyla 0.641, 0.801 ve 0.698 bulunmuştur. Bu çalışmada geliştirilen 4D-QSAR metodu ile oluşturulan modelin benzer yapılara sahip yeni bileşiklerin tasarlanmasında kullanılabileceği görülmüştür.