''THE ISOLATION OF PLASMIDS AND INVESTIGATION OF ANTIBIOTIC RESISTANCE GENES AND TOXINS IN NOVEL BACILLUS CEREUS SENSU LATO STRAINS''
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, TARIM BİLİMLERİ VE TEKNOLOJİLERİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ABDUL AZIZ KARIM
Danışman: Semih Yılmaz
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bacillus cereus grubu olarakta bilinen Bacillus cereus sensu lato, filogenetik olarak yakından ilişkili, birçok ortamda bulunabilen, spor oluşturan, fakültatif anaerob veya aerobik, çubuk şekilli Gram pozitif bakterilerden oluşan bir gruptur. Bu grubun üyeleri, çoğunlukla büyük plazmitleri üzerinde bulunan genler tarafından kodlanan çok çeşitli toksin ve virülans faktörleri nedeniyle gıda kaynaklı ve diğer hastalıklarla ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmada Adana, Türkiye'den toprak örneklerinden izole edilmiş olan 15 B. cereus s.l. bakterisi üzerinde Kirby Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak antibiyotik duyarlılık testleri yapılmıştır. Direnç gösteren 3 suşun 18 plazmit DNA'sı Illumina NovaSeq 6000 platformu kullanılarak dizilenmiştir. Plazmit aracılı antibiyotik direnç genlerinin, toksinlerin ve virülans peptitlerinin taranması in silico araçları kullanılarak yapılmıştır. Tüm suşların siprofloksasin, levofloksasin, kloramfenikol ve meropenem'e tamamen duyarlı olduğu belirlenmiştir. Suşların büyük bir oranı (%80) S/trimetoprim'e, %73'ü de penisilin ve ampisiline karşı direnç göstermiştir. Suşların tetrasiklin (%47), eritromisin (%47), gentamisin (%40), imipenem (%20), vankomisin ve amikasin ile (her biri %13) klindamisin ve linezolide (her biri %7) karşı düşük düzeyde direnç gösterdiği belirlenmiştir. Yedi suş imipenem'e karşı ampisilin kaynaklı β-laktamaz direnci göstermiştir. Suşların MAR indeksleri 0.13 ile 0.53 arasında değişiklik göstermiş olup %66.7'sinin MAR indeksleri 0.2'nin üzerinde bulunmuştur. Ek olarak, PGAP ile yapılan fonksiyonel anotasyon sonucunda Bt SY27.1, Bt SY62.1A ve Bt SY56.3 plazmit dizilerinin analizlerinde antibiyotik direnci, toksinler ve virülans faktörlerini kodlayan genleri taşıdıkları belirlenmiştir. Bu genler çoğunlukla megaplazmitlerde bulunmuştur. Sonuç olarak, bu çalışmada Bacillus cereus s.l.'nin antibiyogram paternleri belirlenmiş ve Bt SY27.1'in virülans ve patojenisitesine katkısı da ortaya çıkarılmıştır. Bt SY27.1, Bt 62,1A, ve Bt SY56.3 suşlarının patojenisite potansiyellerinin tam olarak anlaşılabilmesi için tüm genom dizi analizi ve proteomik çalışmaların yapılması önerilmiştir.