ÇOKLU DİZİ HİZALAMA PROBLEMİNİN YAPAY ARI KOLONİ ALGORİTMASI İLE ÇÖZÜLMESİ
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SELÇUK ASLAN
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Celal ÖZTÜRK
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Çoklu dizi hizalama, biyolojik sekansların yorumlanabilmesi için en sık başvurulan analiz yöntemidir. Makro moleküllerin yapı ve fonksiyon tahmininden filogenetik ağaçların oluşturulmasına, polimeraz zincir reaksiyon birincil tasarımından hücre simülasyonuna kadar Biyoinformatik?in hemen hemen tüm problemlerinde çoklu dizi hizalamalarına ihtiyaç duyulmaktadır. Protein, DNA ya da RNA makro moleküllerine ait sekans bileşenlerinin hizalanması için kullanılan yaklaşımları genel olarak dinamik programlama algoritmaları ve sezgisel algoritmalar olarak iki gruba ayırmak mümkündür. İkiden fazla olan sekans sayısı ve sekans uzunlukları dikkate alındığında dinamik programlama bazı hesaplama sınırlarını beraberinde getirmektedir. Hem dinamik programlama sınırlamaları dikkate alındığında hem de çoklu dizi hizalama işlemi ayrık optimizasyon problemi olarak değerlendirildiğinde sezgisel algoritmaların bu problemlerin çözümünde kullanılabilirliği daha önemli hale gelmiştir. Bu tez bağlamında, arıların yiyecek arama davranışlarındaki zekiliği modelleyen Yapay Arı Koloni Algoritması kullanılarak çoklu dizi hizalama problemine ait optimum çözümler bulunmaya çalışılmıştır. Yapay Arı Koloni Algoritması?nın sağlam, esnek yapısı ve algoritmanın işçi, gözcü, izci arı fazlarının çoklu dizi hizalama problemi için önerilen yeni modelleri sayesinde literatürle karşılaştırılabilir sonuçlar alınmıştır. Aynı zamanda yapılan çalışmalar CUDA platformu ile birleştirilerek paralel çalışma performansları da araştırılmıştır.