Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: GÜLER TOPRAK
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Nusret Ayyıldız
Eş Danışman: Abdurrahman Ayvaz
Özet:
Sıcaklık canlıya ait birçok metabolik süreci etkileyen önemli bir faktördür. Bu yüzden sıcaklığın metabolik ve fizyolojik etkilerinin anlaşılması, böcek biyolojisi açısından önemlidir. Bu çalışmada değişen sürelerde uygulanan farklı sıcaklıkların son dönem G. mellonella larva proteomunda neden olduğu değişimlerin tespiti amaçlanmıştır. Bu amaçla son dönem larvalar, farklı sıcaklılara (18 °C, 30 °C ve 37 °C) 24 ve 48 saat boyunca maruz bırakıldı. Larva proteinleri hemolenften ve larva dokularından ayrı ayrı izole edildi. TCA-aseton yöntemi ile toplanan proteinler 2D-PAGE ile ayrıldı. Aynı süre uygulanan 3 farklı sıcaklığın jel görüntüleri karşılaştırıldı ve karakteristik spotlar tespit edilip LC-MS/MS ile tanımlandı. Proteinlerin hücre içi konumları, yer aldığı biyolojik süreçler, birbirleri ile etkileşimleri ve metabolik yolaklara dağılımı çeşitli biyoinformatik araçlarla tespit edildi. Farklı sıcaklıkların 24 ve 48 saat uygulandığı gruplar için sırasıyla 132 ve 77 protein tanımlandı, 45 adet proteinin ise 24 ve 48 saatlik uygulamalar için ortak olduğu bulundu. Tanımlanan toplam 254 proteinden 79 tanesinin jeldeki olası konumu belirlendi. Proteinlerin büyük oranda sitoplazmik ve mitokondrial yerleşim gösterdiği tespit edildi. Tanımlanan G. mellonella proteinlerinin çoğu için herhangi bir biyolojik süreç belirlenemedi. Bu yüzden tanımlanan G. mellonella proteinlerine dizi benzerliği gösteren D. melanogaster ve B. mori proteinleri tespit edilip biyolojik süreçlere dağılımları yeniden incelendi. Yapılan bu değerlendirmelerde 24 saat uygulamalarında fagozom, endoplazmik retikulum ve karbon metabolizmasına ait proteinler tespit edilirken, 48 saat için TCA döngüsü, proteozom ve karbon metabolizması proteinleri belirlendi. Moleküller arası etkileşim ağları (STRING) da bu sonuçları destekledi. Yirmi dört saat sıcaklık uygulamalarına ait 34 proteinin çeşitli stres tiplerine karşı gösterilen hücresel tepki süreçlerinde, 8 proteinin ise ısı stresiyle ilişkili süreçlerde yer aldığı anlaşıldı. Diğer taraftan 48 saatlik uygulamada stresle ilgili vii 21 proteinden yalnızca 2’sinin doğrudan sıcaklık stresi ilgili olduğu tespit edildi. Ayrıca uygulama süresinin larva proteomunda değişiklikler meydana getirdiği, sıcaklık ve süre değişimlerinden en fazla etkilenen süreçlerin taşıma ve protein kontrol yolakları olduğu sonuçlarına ulaşıldı.