investigation of antibiotic resistance gene profile and microbiological characteristics of ceftazidyme-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates from different hospitals in Iraq


Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2024

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: SAFAE ABDULHAMID BDAWI BDAWI

Danışman: Abdurrahman Ayvaz

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

P. aeruginosa izolatlarının virülans genlerini ve antibiyotik direncini tespit etmek amacıyla Irak'ın farklı bölgelerindeki hastanelerin yara ve yanık ünitelerinde yatan hastalardan toplam 283 bakteri izolatı elde edildi. Örnekler 1 ile 70 yaş arasındaki erkek ve kadın hastalardan alındı. Bu izolatların 176'sı yaralı vücut bölgelerinden, 107'si ise yanık vücut bölgelerinden alındı. Mikroskobik, fenotipik ve biyokimyasal testler ile API 20E testleriyle bu izolatlardan 117'sinin P. aeruginosa olduğu belirlendi. Bu P. aeruginosa izolatlarının sırasıyla %58,97'si (69) ve 41,0%'ı (48) yanık ve yaralı vücut bölgelerinden sağlandı. Disk difüzyon yöntemiyle 117 izolatın 35%'inin (41) Ceftazidyme karşı dirençli olduğu belirlendi. Ayrıca E-Test yöntemiyle Minimal İnhibitör Konsantrasyonlar (MIC) hesaplandı. Seftazidime dirençli izolatların biyofilm üretim kapasitesi ELISA ile belirlendi. Konvansiyonel PCR ve RT-PCR ile yara ve yanık örneklerinden alınan izolatların blaGES, blaAmpC, blaampD, blaimp MexB, MexA, exoS, exoA ve pelF virülans genleri tarandı. blaGES ve pelF genlerinin en yüksek frekansta olduğu belirlendi. SE18 ve SE36 izolatları, taranan virülans genlerinin tamamını taşıdığından, en yüksek frekansa sahip blaGES ile pelF genleri dizilendi ve biyoinformatik olarak analiz edildi. Anahtar Kelimeler: Pseudomonas aeruginosa, blaGES, blaAmpC, blaampD, blaimp MexB, MexA, exoS, exoA ve pelF genleri, RT-PCR, VITEK2, API20E