Kayseri’nin Mahzemin Yöresindeki Sığırlarda Coccidiosis’e Yol Açan Patojenik Eimeria Türlerinin Moleküler Prevalansı ve Filogenetik Karakterizasyonu
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2015
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Muzaffer Hatırnaz
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Alparslan YILDIRIM
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışma, Kayseri'nin mahzemin yöresinde sığırlarda coccidiosis'e yol açan Eimeriatürlerinin moleküler prevalansı ve filogenetik karakterizasyonunu ortaya koymak amacıylaplanlanmıştır. Bu amaçla 2014 yılında araştırma yöresinde halk elinde süt ve besi sığırcılığı yapılan 23 ahırdan farklı yaş, cinsiyet ve ırklara ait toplam 150 sığır incelenmiştir.Sığırlardan tekniğine uygun şekilde alınan dışkı örnekleri laboratuvarda Eimeria ookistleri yönünden incelenmiş ve pozitif örneklerde gram dışkıdaki ookist sayısı (OPG) belirlenmiştir. Pozitif belirlenen sığırlara ait dışkı örnekleri sporlandırma prosedürüne tabii tutulup ookist morfolojisine göre Eimeria türlerinin teşhisleri yapılmıştır. Eimeriaookistleri ile pozitif belirlenen örneklere ait genomik DNA izolatları patojenik Eimeria türlerinin kantitatif identifikasyonu için Real Time PCR analizlerine tabii tutulmuştur. Morfolojik identifikasyon ve Real Time PCR analizleri temelinde belirlenen patojenik Eimeria türlerine ait izolatların 18S rRNA gen bölgeleri amplifiye edilmiş ve sonrasında klonlama, plazmid pürifikasyonu ve sekans analizleri gerçekleştirilmiştir. Nükleotid dizileri saptanan izolatların moleküler karakterizasyonları belirlendikten sonra GenBank aksesyonları (KU052223-37) sağlanmış ve filogenetik yapılanmaları belirlenmiştir. İncelemesi yapılan sığırlardan 98'i (%65,3) Eimeria ookistleri yönünden pozitif bulunmuştur.Eimeria pozitifliğinin sığırların yaş, cinsiyet, ırk ve dışkı karakterlerine göre dağılımında istatistiksel bir farklılık belirlenmemiştir (p>0,05). Pozitif belirlenen sığırlarda ortalama OPG değeri 883,8±1166,2 belirlenmiştir. OPG değerleri <3ay ve 4-12 ay yaş grupları ile kanlı ishalli ve ishalli dışkı karakteri gruplarında istatistiksel anlamda daha yüksek düzeyde saptanmıştır. Pozitif örneklerde morfolojik identifikasyon sonucunda en yaygın tür %76,5 ile E. bovis bulunmuş bunu sırasıyla %64,3 ile E. zuernii, %51,0 ile E. auburnensis, %44,9 ile E. alabamensis, %16,3 ile E. cylindrica, %6,1 ile E. bukidnonensis ve %4,1 ile E. subspherica izlemiştir. Patojenik türler için Real Time PCR analizleri sonucunda DNA kopya sayısı düzeyinde en yüksek pozitiflik E. bovis için belirlenmiş bunu sırasıyla E. zuernii, E. auburnensis ve E. alabamensis izlemiştir.<3 ay grubu ve ishalli dışkı karakterinde olan örneklerde E. bovis ve E. zuernii pozitifliği de DNA kopya sayısı düzeyinde E. auburnensis ve E. alabamensis pozitifliklerine oranla daha yüksek belirlenmiştir (p<0,05).18S rRNA gen bölgesi filogenetik analiz sonuçlarına göre araştırma yöresinde belirlenen E. zuernii, E. bovis, E. auburnensis, E. alabamensis, E. cylindrica ve E. bukidnonensis türlerine ait izolatların Japonya'dan bildirilen izolatlarla birlikte 3 monofiletik grupta tür bazlı olarak kümelendikleri saptanmıştır.Belirlenen izolatlar ve aynı türe ait Japonya izolatları arasında farklı oranlarda (%0,0-0,7) intraspesifik sekans heterojenitesi belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışma ile Kayseri'nin Mahzemin yöresindeki sığırlarda coccidiosis'e yol açan Eimeria türlerinin moleküler prevalansı ve enfeksiyon yükleri kantitatif düzeyde ortaya konmuş ve patojenik türlerin filogenetik karakterizasyonları sağlanmıştır. Anahtar kelimeler: Sığır, Coccidiosis, Real Time PCR, Moleküler prevalans, Filogenetik Karakterizasyon