Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, TARIMSAL BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: NECATİ ÇETİNSAĞ
Danışman: Kahraman Gürcan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Kayısı (Prunus armeniaca), dünya çapında önemli bir meyve türüdür. Şarka olarak da bilinen, Plum pox virus (PPV) kayısıda verim kaybına neden olan önemli bir viral hastalıktır. Bu tez çalışmasında PPV'ye dayanıklı ve hassas 4 kayısı çeşidinde (Hacıhaliloğlu, Ordubatbenzeri, Stark Early Orange (SEO), Zard) PPV dayanıklılık lokusu (PPVres) nükleotid (nt) dizisinin yüksek kapasiteli dizileme sistemleri ile belirlenmesi ve bu lokus üzerinde bulunan polimorfik bölgelerin keşfedilmesi hedeflenmiştir. DNA dizilmesi Illimuna High Seq 2000 sistemi ile gerçekleştirilmiştir. Ham veriler temizlenip ve filtrelendikten sonra SEO, Ordubatbenzeri, Zard çeşitleri için sırasıyla 94.975.040, 116.835.356, 113.792.588 okuma elde edilmiştir. Üç çeşidin okumaları, Şeftali ve Hacıhaliloğlu genomunda 1. kromozom üzerindeki 8400000-8700000. nükleotidler (nt) arasındaki 300 bin nt uzunluğundaki parçaya eşleştirilerek, üç çeşit için PPVres lokusu elde edilmiştir. Üç çeşidin 300.000 nt uzunluğundaki PPVres lokusu, Hacıhaliloğlu PPVres lokusu ile karşılaştırıldığında keşfedilen varyasyon/SNP sayısı SEO'da 26.155, Ordubatbenzeri'nde 25.891, Zard çeşidinde ise 25.516 olarak bulunmuştur. Ayrıca 103 adet (-di, -tri, -tetra) SSR lokusu tespit edilmiş ve 58 tanesinin polimofik olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen bu varyasyonlar PPVres lokusunda yer alan PPV dayanıklılık gen veya genlerinin keşfedilmesinde, markör destekli seleksiyon (MAS) çalışmalarında kullanılabilecek markörler geliştirilebilecektir. Anahtar Kelimeler: Yüksek kapasiteli dizileme (HTS), Şarka, Tek Nükleotid polimorfizmi (SNP), Basit Tekrarlı Diziler (SSR)