Elektron konformasyonel genetik algoritma 4d-QSAR metodu ile pirazol, benzotriazin, dibenzazosin ve kinazolin serilerinde farmakofor belirlenmesi ve biyoaktivite hesabı


Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, KİMYA ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2010

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: KADER ŞAHİN

Danışman: Emin Sarıpınar

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada pirazol, benzotriazin, dibenzazosin, kinazolin türevlerinin antikanser aktivitesinden sorumlu farmakofor gruplarının belirlenmesi ve bileşik serilerinin nicel aktivite tahmini elektron konformasyonel genetik algoritma (EC-GA) metodu kullanılarak yapılmıştır. Bunun için kapsamlı bir 4D-QSAR program paketi (EMRE, ECSP ve Aktivite kodları) geliştirilmiştir. Çalışmanın ilk kısmında, serilerdeki her bir bileşiğin konformasyonel analiz ve kuantum kimyasal hesaplamaları PM3 metodu ile yapılmıştır. Bu hesaplamalar sonucunda elde edilen verilerden yararlanılarak EMRE programı ile her bir konformer için üç boyutlu elektron konformasyonel uygunluk matrisleri (ECMC) hazırlanmıştır. Daha sonra ECSP programı ile farmakofor grup, yani elektron konformasyonel alt matris (ECSA) belirlenmiştir. Pirazol, benzotriazin, dibenzazosin, kinazolin serilerindeki bileşiklerin her bir konformeri için sırasıyla 204, 485, 680 ve 479 moleküler parametreler EMRE programı ile hazırlanmıştır. İnhibisyon aktivitelerini etki eden en önemli parametre gruplarının belirlenmesi ve teorik aktivite değerlerini bulmak için genetik algoritma ve doğrusal olmayan en küçük kareler (lsqnonlin) yöntemi her iki seri için de kullanılmıştır. Seriler, eğitim ve test seti olmak üzere sınıflandırılarak optimizasyonu yapılmıştır. Pirazol, benzotriazin, dibenzazosin, kinazolin serilerinde regrasyon katsayıları eğitim seti için sırasıyla 0.774, 0.900, 0.856 ve 0.876 test seti için sırasıyla 0.803, 0.912, 0.649 ve 0.728 bulunmuştur. Bu seriler için çapraz doğrulama katsayıları (q2) ise sırasıyla 0.624, 0.812, 0.649 ve 0.728 dir.