Multilocus sequence typing of carbapenem resistant Klebsiella pneumonia isolates collected from Turkey and Iraq


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2020

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: MOHAMMED HASAN NABEEL ALMASHAT

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Mikail Akbulut

Eş Danışman: Pınar Sağıroğlu

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada Kayseri-Türkiye ve Bağdat-Irak'tan 72 adet Klebsiella pneumoniae (Kp) izolatı toplanmış ve meropenem direnci için MIC değerleri belirlenmiştir. Bu izolatlardan 50 tanesi PFGE, 7 housekeeping MLST ve wzi geni gibi ayırma gücü yüksek olan farklı tiplendirme yöntemleriyle tiplendirilmiştir. İzolatların büyük çoğunluğu (% 32) idrar örneklerinden, geri kalanı ise kan (% 18), balgam (% 12), yara (% 14), deri sürüntüsü (% 10), solunum sistemi (% 8) ve kulak sürüntüsü (% 6) gibi farklı kaynaklardan elde edilmiştir. Çalışılan izolatlar arasında %52 frekansla ST15 en fazla görülen dizi tipi olmuştur. İkinci en fazla bulunan dizi tipi % 6 frekansla ST 307 olmuştur. ST16, ST 101 ve ST 2943 dizi tiplerinin her biri % 4 oranında bulunurken ST 14, ST 2096, ST 4634, ST. 530, ST 469, ST 377, ST147 ve ST 37'nin her biri% 2 oranında tespit edilmiştir. Ayrıca, izolatların % 6 sı yeni tipe sahipken % 8'i tiplendirilememiştir. Tüm izolatlar Wzi geni için tiplendirilmiş olup, bazılarının K-tipinde çapraz reaksiyona sahip olduğu belirlenmiş ve bazılarında ise wzi geni için sadece allel numarası belirlenmiştir. İzolatların PFGE profilleri % 80 ve üzerinde benzerlik göstermiştir. Ayrıca izolatlar arasındaki filogenetik ilişkiyi belirlemek için rpoB ve wzi genleri, 7 housekeeping genleri ve PFGE kullanılmıştır. En yüksek frekansta bulunması ve karbapenem dahil çok sayıda antibiyotiğe dirençli olması nedeniyle ST 15 dizi tipine sahip suşların Ortadoğu ülkelerinde problem olacağı beklenilmektedir. Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, PFGE, MLST, wzi, Karbapenem direnci