Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, VETERİNERLİK PARAZİTOLOJİSİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: EMRE ÖZCAN
Danışman: Önder Düzlü
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu araştırma, Kayseri bölgesindeki evcil ve yabani atların dışkı örneklerinde Parascaris equorum türünün moleküler prevalansının incelenmesi ve filogenetik özelliklerinin belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Kayseri yöresindeki 120 atın dışkı örneklerinde P. equorum yumurtalarının varlığı, doymuş tuzlu su flotasyon yöntemi ile kontrol edilmiş ve pozitif örnekler belirlenmiştir. Atlara ait dışkı örneklerinden hazırlanan yumurta süspansiyonlarından genomik DNA ekstraksiyonu yapılması, ön homojenizasyon işlemlerini takiben gerçekleştirilmiştir. Parascaris equorum'un moleküler karakterizasyonu ve filogenetik analizleri için mt-cox1 gen bölgesinin yaklaşık 783 bp'lik kısmını amplifiye etmek için orijinal olarak tasarlanmış primerlerle nested PCR analizleri yapılmıştır. Pozitif amplikonların sekans analizleri, nested primerleri kullanılarak çift yönlü olarak gerçekleştirilmiş ve final dizilimler elde edilmiştir. Homolog veya yakın izolatlara ait ilgili gen bölgesi sekanslarıyla yapılan çoklu hizalamalar, Geneious Prime 2023.0.4 yazılımı üzerinden gerçekleştirilmiş ve GenBank kayıtları yapılmıştır. Maximum Likelihood (ML) analizleri için en uygun substitution modelin belirlenmesinde jModelTest v.0.1.1 kullanılmış ve belirlenen modeller, filogenetik ağaçların oluşturulmasında kullanılmıştır. ML analizleri, Geneious Prime 2023.0.4 yazılımı üzerinden sırasıyla PhyML plugin kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Oluşturulan ağaçların güvenilirliğini belirlemek için 1000 tekrarlı Bootstrap testi kullanılmıştır. Toplanan 120 at dışkısının morfolojik analizlerinde, 11 (%9,2) dışkı örneğinin Parascaris yumurtaları yönünden pozitif olduğu saptanmıştır. Nested PCR analizlerinde ise 13 (%10,8) örnek pozitif olarak tespit edilmiştir. PCR analizleri sonucunda belirlenen 13 izolatın sekans analizleri, P. equorum türü olduğunu ortaya koymuştur ve tüm örneklerin birbirleriyle %100 uyumlu olduğu saptanmıştır. Aynı haplotipe ait örneklerden temsili bir izolatın GenBank kaydı (OR545366) gerçekleştirilmiştir. Türkiye ve dünyanın çeşitli bölgelerinden kaydedilmiş P. equorum, P. univalens, Baylisascaris laevis, B. columnaris, B. procyonis, T. cati, T. canis, T. vitulorum, T. malaysiensis, Toxascaris leonina, Ascaris lumbricoides, A. suum, Ancylostoma caninum ve Anisakis pegreffii izolatlarını içeren toplam 27 sekanslık mt-cox1 veri seti oluşturulmuştur. Filogenetik analizlerde, Kayseri bölgesinden izole edilen TR-ERUPeq-1 izolatının P. equorum izolatları ile aynı kümeye yerleştiği ve P. univalens türlerine oldukça benzeyen izolatlar olduğu belirlenmiştir. Ancak, bu iki tür arasında benzerliklerin %100 olduğu bazı GenBank kayıtları, tartışmalı olan sinonim olup olmadıkları konusunda dikkat çekmiştir. TR-ERUPeq-1 izolatının en yüksek benzerliği (%99,88), bu iki türe ait izolatlarla paylaştığı belirlenmiştir. Bu iki türe ait diğer gruplarla benzerlik oranları %98,86-99,73 arasında değişmektedir. Pozitif izolatın diğer askarid türleriyle genetik farklılıkları %10,22-14,68 arasında değişmektedir. Sonuç olarak, bu tez çalışmasıyla Kayseri bölgesindeki atlardan izole edilen P. equorum türlerinin moleküler prevalansı ve mt-cox1 gen bölgesinin moleküler karakterleri ortaya çıkarılmış, dünyadaki benzer izolatlarla filogenetik benzerlikleri belirlenmiş ve mt-cox1 gen bölgesi açısından Türkiye'den ilk GenBank kaydı sağlanmıştır. Anahtar Kelimeler: At, filogenetik karakterizasyon, moleküler prevalans, Kayseri, Parascaris equorum