MİKROARRAY GEN İFADELERİNİN ABC ALGORİTMASI KULLANILARAK KÜMELENMESİ

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2015

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Mustafa Tarım

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Celal ÖZTÜRK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Günümüzde bilgisayar teknolojilerinin gelişmesi birçok alanda yapılan çalışmaları etkilemiştir. Moleküler biyoloji ile bilgisayar teknolojilerinde yaşanan gelişmeler biyoinformatik bilimini meydana getirmiştir. 1960'lı yıllardan sonra biyoinformatikte yaşanan hızlı gelişmeler beraberinde çözülmeyi bekleyen birçok problemi de yanında getirmiştir. Mikroarray gen ifadelerinin kümelenmesi bu problemlerden biridir. Arıların yiyecek bulma davranışlarından esinlenerek geliştirilen ABC algoritması yapay zekâ optimizasyon algoritmalarından biridir. ABC algoritması birçok problemde kullanıldığı gibi kümeleme problemlerinde de kullanılmıştır. Bu çalışmada ise gen ifadesi kümelemede kullanılarak performansı gözlenmiştir. Çalışma kapsamında uygun mikroarray gen ifadesi veri setleri seçilmiş, deneyler yapılmıştır. Yapılan deneylerle ABC algoritmasının kümeleme performansı ile kümeleme tahmini performansı incelenmiş ve sezgisel yöntemlerden PSO algoritması, klasik yöntemlerden K-means, PAM ve hiyerarşik kümeleme algoritmaları ile karşılaştırmaları yapılmıştır. Değerlendirme ölçütlerinden alınan değerler ABC algoritmasının gen ifadesi kümelemeye uygun olduğunu ve diğer algoritmalara kıyasla performansının daha iyi olduğunu göstermiştir.