Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: AHMET CEYLAN
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Mikail Akbulut
Eş Danışman: Kahraman Gürcan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Şarka hastalığı etmeni olan Plum pox virüs (PPV), Potyviridae familyasının bir üyesidir. PPV, sert çekirdekli meyve endüstrisini etkileyen oldukça zararlı bir virüstür. Avrupa, Kuzey Afrika, Kuzey ve Güney Amerika ve Asya'da yayılış göstermektedir. Türkiye'de bölgesel düzeydeki enfeksiyonları oldukça yoğundur. PPV'nin şimdiye kadar 9 ırkı (D, M, T, EA, Rec, W, C, CR ve An) tanımlanmış olup, pozitif anlamlı tek zincirli RNA içermektedir. PPV-T (Türkiye) ırkı Türkiye'ye endemiktir. Bu çalışmada DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri ile PPV açısından pozitif örnekler tespit edilmiş, yoğun mutasyon gösteren virüslerin kısmi dizi analizleri gerçekleştirilerek, en farklı 20 PPV-T izolatı seçilmiştir. Bu izolatlar için kurulan cDNA kütüphaneleri 20 primer çifti ile ortalama 500 baz çifti (bç) uzunluğunda parçalar üretecek şekilde çoğaltılmış ve parçalar sanger yöntemi ile dizilenmiştir. Diziler birleştirilerek PPV-T izolatlarının tüm genomları elde edilmiştir. Genom dizi analizlerimiz sonucunda, PPV-T izolatlarının diğer PPV izolatları ile benzer genomik yapı gösterdiği belirlenmiştir. PPV-T ırklarının RNA genomu 3'-terminal bölgesindeki poly(A) kuyruğu hariç 9786 nt uzunluğunda olup, 3140 amino asit kodlamaktadır. Başlama kodonu 147-149. nt pozisyonunda, bitiş kodonu ise 9567-9569. nt pozisyonunda bulunmaktadır. Büyük bir poliprotein olarak ifade edilen genom, proteolitik süreçle en az 10 farklı proteine (P1, HcPro, P3, 6K1, CI, 6K2, NIa, NIb, ve CP) dönüştürülür. Buna ek olarak PİPO olarak adlandırılan P3 gen bölgesi içinden kodlanan küçük bir ORF'de bulunmaktadır. Bu genom organizasyonunun tüm PPV ırklarında olduğu gibi PPV-T izolatlarında da korunmuş olduğu gözlenmiştir. PPV-T izolatlarının tüm genom dizilerinin diğer 9 PPV ırkı ile karşılaştırıldığında benzerlik oranlarının % 78.1 ile % 94.8 arasında değiştiği belirlenmiştir. Filogenetik analizlerde iki ana grup belirlenmiş, I. ana grupta PPV-T, PPV-An, PPV-M, PPV-Rec, PPV-D ve PPV-EA ırkları yer almıştır. II.grupta ise PPV-W, PPV-CR ve PPV-C ırkları bulunmaktadır. Filogenetik analizde Türkiye'deki PPV-T izolatlarının iki ana gruba (Ta ve Tb) ayrıldığı görülmektedir. PPV-Tb grubuna giren izolatların diğer PPV ırkları ile olan tüm genom benzerliği PPV-Ta grubu izolatlarından daha fazla olduğu saptanmıştır. Rekombinasyon analizlerimiz sonucu PPV-T ırklarına ait izolatların hepsinde genomun 5'ucunda mozaik yapıda rekombinasyon olduğu tespit edilmiştir. Rekombinant PPV-T ırklarında, PPV-D ve PPV-An ırklarından gelen iki kırılma noktası belirlenmiştir.