Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Erciyes Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Klinik Öncesi Bilimler, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Ömer Türkmen
Danışman: Önder Düzlü
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışma, Kayseri, Nevşehir ve Sivas yörelerindeki arı kovanlarında bulunan kolonilerden toplanan Varroa örneklerinin mitokondriyal cox1, ATP6, cox3 ve cytb gen bölgeleri bazında filogenetik karakterlerinin ortaya konulması ve Varroa örneklerinde endosimbiyont Wolbachia endobakterisinin varlığının araştırılması amacıyla gerçekleştirilmiştir. Genotiplendirme ve filogenetik analizler için toplam 300 Varroa örneğinden bireysel genomik DNA izolasyonu yapıldı. Morfolojik analizlere tabii tutulan örneklerinin filogenetik analizleri için ilgili gen bölgeleri standart primerlerle amplifiye edildi. Elde edilen amplikonlar saflaştırıldıktan sonra PCR primerleri ile çift yönlü olarak sekanslandı. Sekans kromotogramları De Novo Assemble üzerinden işlenerek izolatlara ait konsensüs sekanslar elde edildi. İlgili sekanslar GenBank veri tabanında Blastn analizlerine tabii tutularak moleküler identifikasyonları sağlandı ve filogenetik analizler için elde edilen izolatlara ait sekansla birlikte dünyanın farklı ülkelerinden GenBank veri tabanına kaydedilerek izolatları içeren data setleri oluşturuldu. Data setler içerisinde haplotip çeşitliliği, inter ve intra spesifik nükleotid farklılıkları DNAsp ve MegaX üzerinden Kimura Two Parameter modeli ile analiz edildi. Filogenetik ağaç oluşturulmasında maximum likelihood (ML) analizleri 1000 tekrarlı bootstrap kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmaya dahil edilen 300 Varroa örneğinin tamamının Varroa destructor türü oldukları saptandı. Tüm gen bölgeleri için V. destructor izolatlarından Kayseri, Sivas ve Nevşehir örnekleri bölge bazında kendi içlerinde %100 benzerlik gösterdikleri için sadece her bölgeden birer örneğin GenBank kayıtları gerçekleştirildi. Tüm gen bölgeleri için elde edilen haplotiplerin tamamının Kore haplotipi oldukları belirlendi. Her gen bölgesi için dünyadan ve Türkiye'den veri setlerine dahil edilen V. destructor izolatları arasındaki genetik benzerliğin %98,22-100 arasında olduğu, V. jacobsoni ve V. destructor türleriyle ise %8'in üzerinde genetik farklılık olduğu belirlendi. Wsp gen bölgesi PCR analizleriyle bireysel olarak incelemesi yapılan hiçbir Varroa destructor örneğinde Wolbachia endobakterisi tespit edilmedi. Sonuç olarak bu çalışmayla, İç Anadolu Bölgesinin üç farklı yöresinde halk elinde bulunan arı kovanlarındaki kolonilerden elde edilen Varroa örneklerinin COX1, ATP6, COX3 ve Cytb gen bölgeleri bazında moleküler karakterleri ortaya çıkarılmış, dünyadan benzer izolatlarla filogenetik yakınlıkları belirlenmiş, Türkiye'nin biyolojik varlıkları olarak Genbank kayıtları gerçekleştirilmiş, her dört gen bölgesinin de Varroa örneklerinin DNA barkodlamasında belirleyici markırlar oldukları teyit edilmiş ve incelemesi yapılan örneklerde Wolbachia endobakterisinin durumu ortaya konulmuştur.