Proteinlerin yerine getirdiği görevler üçüncül yapıları olarak adlandırılan doğal durumlarına doğrudan bağlıdır. Günümüzde birçok proteinin birincil yapı olarak adlandırılan dizilimleri bilinmekle beraber işlevlerini belirleyenüçüncül yapıları bilinmemektedir. Ele alınan dizide bulunan amino asitlerin üçüncül yapı oluşumuna yol açan özelliklerinin kullanılarak üçüncül yapılarının tahmin edilmesi proteinlerin gerçek doğasının tam anlaşılmasınınönünü açacaktır. Proteinlerin üçüncülyapılarıile ilgili yapılan çalışmalarda en düşük serbest enerji düzeyinin elde edilmesi eğilimi tespit edilmiştir. Serbest enerji düzeylerini hesaplamada, sudan kaçma özelliği yoğun olarak kullanılmaktadır. Bu özelliğe göre sınıflandırılan amino asitleri temel alan HP modeli basitliği ve gerçekçiliği ile dikkat çekmektedir. Çalışmamızda HP modelinin doğadaki protein davranışı incelenerek geliştirilmiş bir türü olan Üç Boyutlu Hidrofobik Polar Yan Zincir modeli kullanılmıştır. Proteinlerin üçüncül yapımodellerininbulunmasında arıların besin arama davranışlarını modelleyen Yapay Arı Kolonisi Algoritması temelli oluşturulan ayrık bir model önerilmiştir. Benzer çalışmalarda kullanılan başarımların test edildiği örnek dizilerde daha az maliyetle iyi sonuçlar alınmıştır.