Akademik Veri Yönetim Sistemi
25. Ulusal Kimya Kongresi, 27 Haziran - 02 Temmuz 2011, Erzurum, Erzurum, Türkiye, 27 Haziran - 02 Temmuz 2011, ss.175, (Özet Bildiri)
HIV Virüsü, vücuda girdikten sonra doğrudan vücudun mikroplarla ve kanserlerle savaşmasında en önemli bağışıklık sistemi hücreleri olan CD4 hücrelerini hedef alır ve orada çoğalır. HIV girdiği vücudun, mikroplara karşı koyma yeteneğini sağlayan bağışıklık sistemini etkileyip yok eder. Bu çalışmada, grubumuz tarafından geliştirilen Elekton konformasyon-Genetik Algoritma hibrit metodu (EC-GA) [1] kullanılarak piperazin türevi [2] bileşikler HIV-1 inhibitörü olarak 4DQSAR incelenmiş, biyolojik aktivitesinden sorumlu farmakofor grubun belirlenmesi ve nicel aktivite tahmini yapılmıştır. Çalışmanın ilk kısmında 68 bileşik (1510 konformer) için Hartree-Fock 3-21G temel seti ile kuantum kimyasal hesaplamalar yapılmıştır. Bu hesaplamalar sonucunda elde edilen verilerden yararlanılarak EMRE V2.0 programı kullanılarak her bir konformer için üç boyutlu elektron konformasyonel uygunluk matrisleri (ECMC) hazırlanmıştır. Daha sonra ECSP programı ile bu matrisler belirli tolerans değerlerinde karşılaştırılarak aktiviteden sorumlu farmakofor grup yani elektron konformasyonel alt matris (ECSA) belirlenmiştir. farmakofor grubu dışında aktiviteyi artıran yada azaltan elektronik, geometrik, fizikokimyasal parametreler EMRE programı ile hazırlanmıştır. En iyi alt parametre setini bulmak için optimizasyon yapılmıştır, Bu seri eğitim ve test seti olarak ikiye bölünerek kurulan modelin geçerliliği çapraz doğrulama ile yapılmıştır.. Eğitim setinden elde edilen moleküler parametreler kullanılarak aktivitesi test edilmemiş bilinmeyen yeni bileşiklerin içinde biyoaktivite hesaplamaları yapılmıştır. Ayrıca EC-GA metodundan bulunan sonuçların, CoMFA ve CoMSIA metodları ile istatistiksel olarak karşılaştırılması yapılmıştır. Sonuçların bu metodlara kıyasla daha iyi olduğu görülmüştür. Aşağıdaki şekilde piperazin serisinin en aktif bileşiği için top çubuk şekli gösterilmiştir.