Five-year experience of tuberculosis through the tyes of the laboratory


Sağıroğlu P. , Atalay M. A. , Koç A. N. , Kılıç H.

e-Pamukkale Tıp Dergisi (elektronik), vol.14, no.3, pp.8, 2021 (National Refreed University Journal)

  • Publication Type: Article / Article
  • Volume: 14 Issue: 3
  • Publication Date: 2021
  • Doi Number: 10.31362/patd.809353
  • Title of Journal : e-Pamukkale Tıp Dergisi (elektronik)
  • Page Numbers: pp.8

Abstract

Introduction: Tuberculosis (TB) is a global health problem that has not lost its importance from past to present. The follow-up and evaluation of the laboratory datas have a critical importance fight against TB. This study aims to evaluate the results and clinical reflections obtained from Erciyes University Medical Faculty Hospitals Mycobacteriology Laboratories in the last five years. Materials and Methods: January 2015-December 2019, 16739 clinical specimens were investigated with the EZN staining method, BACTEC MGIT 960 Culture system, and Lowenstein-Jensen (LJ) solid media. Besides, 2981 specimen was investigated by molecular methods (RT-PCR) for the presence of mycobacteria. Gene Xpert MTB/RIF test was used between January 2015-March 2019, BDMAX MTB test used March 2019-December 2019. BD MGIT TBc ID test was used to identify strains, and sensitivity tests of MTC strains to primary antituberculosis drugs were performed with MGIT 960. Results: Total 239 mycobacteria, 195 (81.5%) MTC and 44 (18.4%) non-tuberculosis mycobacterium (TDM) were isolated from different patients clinical specimens. Also, mycobacteria were detected in 15 patients specimens only by PCR. In the laboratory, mycobacterium detected in 254 patients specimens but, 234 of these (92.12%) (210 MTC, 24 TDM) were accepted as TB and treated with antituberculosis drugs. When we evaluated the compatibility of microbiological methods with clinical diagnosis, we found PCR tests had the highest test performance, while EZN staining had the lowest performance. MGIT system detected mycobacterial growth on average 19.65 ± 9.91 days, and LJ medium was on 41.13 ± 13.69 days. 166 (85.12%) of MTC isolates were susceptible to all the drugs tested. 21 (72.4%) isolates had one-drug, six isolates had (20.6%) two-drugs, and two isolates (6.89%) had three-drugs resistance. The resistance rates of the strains to isoniazid, rifampicin, ethambutol, and streptomycin were 7.18%, 2.05%, 5.64%, and 5.13%, respectively. 53.42% of TB patients were male (n = 125), 46.58% were female (n = 109), and 6.41% (n = 15) were children (0-14 age group). In all TB cases, 16 (6.84%) were born outside of Turkey and 62.5% of them were Syrian refugees. 57.26% (n = 134) of the TB cases are pulmonary and 42.47% (n = 100) were extrapulmonary. Twenty patients (8.55%) were former patients who received TB treatment previously. One patient was HIV positive. 77.7% (n = 182) of the patients were accompanied by a chronic disease and hypertension was the mostest among these diseases with a rate of 23.9% (n = 56). 6.83% ( n= 16) TB cases were died. TB cases mostly isolated in August and at least in December. Conclusion: Laboratory and clinical cooperation is very important in the diagnosis and treatment of TB. Monitoring of the data of the centers will contribute to the epidemiological data of our country and the fight against TB.

Giriş: Tüberküloz (TB), geçmişten günümüze önemini yitirmeyen küresel bir sağlık problemidir. TB ile mücadelede laboratuvar verilerinin takibi, değerlendirilmesi ciddi bir öneme sahiptir. Bu çalışmada son beş yılda Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastaneleri Mikobakteriyoloji Laboratuvarlarından elde edilen sonuçlar ve klinik yansımalarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Ocak 2015-Aralık 2019 tarihleri arasında laboratuvarımıza gönderilen 16739 klinik örneğin tamamında, EZN boyama yöntemi, BACTEC MGIT 960 Kültür (Becton Dickinson, ABD) sistemiyle, Löwenstein-Jensen katı (RTA,Türkiye) besiyeri ve 2981 örnekte ise moleküler yöntemler (RT-PCR) ile mikobakteri varlığı araştırılmıştır. Ocak 2015-Mart 2019 yılları arasında Gene Xpert MTB/RIF (Cepheid, ABD) ve Mart 2019-Aralık 2019 arasında ise BDMAX MTB (Becton Dickinson, ABD) RT-PCR testleri kullanılmıştır. Kökenlerin tanımlanmasında BD MGIT TBc ID (Becton Dickinson, ABD) testi kullanılmış ve MTC kökenlerinin primer antitüberküloz ilaçlara duyarlılık testleri MGIT 960 ile yapılmıştır. Bulgular: Her biri farklı hastalara ait olan klinik örneklerden 195 (% 81.5) Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTC) ve 44 (%18.4) Tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) olmak üzere 239 mikobakteri izole edilmiştir. 15 hastanın örneklerinde kültür yöntemleri ile mikobakteri üretilememesine karşın PCR ile mikobakteri saptanmıştır. Mikrobiyolojik olarak mikobakteri saptanan 254 hastadan, 234 (%92.12) tanesi (210 MTC, 24 TDM) klinik olarak TB kabul edilip, antitüberküloz ilaçlar ile tedavi edilmiştir. Tüberküloz tanısında kullanılan mikrobiyolojik yöntemlerin klinik tanı ile uyumları değerlendirildiğinde en yüksek test performansına PCR testleri sahipken en düşük performansa da EZN boyama yönteminin sahip olduğu saptanmıştır. MGIT sistemiyle ortalama 19.65 ± 9.91 günde, LJ besiyerinde ise ortalama 41.13 ± 13.69 günde üreme saptanmıştır. MTC saptanan 195 kökenin 166’sının (%85.12) test edilen ilaçların tamamına hassas olduğu tespit edilmiştir. Dirençli kökenlerin 21’inde tek ilaca, 6’sında iki ilaca ve 2’sinde ise üç ilaca direnç saptanmıştır. Kökenlerin izoniyazid, rifampisin, etambutol ve streptomisine karşı direnç oranlarının sırasıyla % 7.18, % 2.05, % 5.64 ve %5.13 olduğu bulunmuştur. TB kabul edilen hastaların %53.42 ‘sinin erkek (n = 125), %46.58 ‘sinin kadın (n = 109), ve %6.41’inin (n = 15) 0-14 yaş grubunda çocuk olduğu tespit edilmiştir. Tüm TB vakaları içinde 16'sının (%6.84 ) Türkiye dışında doğduğu, bunlarında %62.5‘nin Suriyeli mülteciler olduğu saptanmıştır. Vakalarının %57.26‘sı (n = 134) AC, %42.47‘sini (n = 100) AC dışı TB oluşturmaktadır. Yirmi hastanın (%8.55) önceden TB tedavisi görmüş eski hastalar olduğu ve bir hastanın ise HIV pozitif olduğu tespit edilmiştir. Hastaların %77.7’sinde (n=182) TB’ye kronik bir hastalığın eşlik ettiği ve bu hastalıklar içinde ise %23.9 (n = 56) oran ile hipertansiyonun ilk sırada olduğu belirlenmiştir. TB vakalarının 16’sının (%6.83) hayatını kaybettiği belirlenmiştir. Çalışmamız verileri değerlendirildiğinde TB vakalarının en çok ağustos ayında, en az ise aralık ayında izole edildiği belirlenmiştir. Sonuç: TB tanı ve tedavisinde laboratuvar ve klinik iş birliğinin çok önemli olduğuna ve merkezlerin kendi verilerinin takibini yapmasının, ülkemiz epidemiyolojik verilerine ve TB ile mücadeleye katkı sağlayacağı kanısına varılmıştır.