Altınok H. H. (Yürütücü)
TÜBİTAK - AB COST Projesi , 2015 - 2018
Ülkemizde patlıcan
yetiştiriciliğinin yaygın olduğu Ege ve Akdeniz
Bölgesi’nde domates, biber ve patlıcan üretiminde, patojenik Fusarium oxysporum’lar önemli verim
kayıplarına neden olmaktadır. Surveyler kapsamında 2015 ve 2016 yıllarında elde
edilen, patojenik F. oxysporum
izolatlarının virülenslikleri belirlenmiştir. Domatesden izole edilen toplam
145 adet izolatın % 42’si F. oxysporum
f. sp. lycopersici (Fol) % 53’ü F. oxysporum f. sp. radicis-lycopersici (Forl) olarak belirlenmiştir. Toplam 64 adet F. oxysporum f. sp. capsici (Foc) izolatları elde edilmiştir. F. oxysporum f. sp. melongenae
(Fomg) izolatları kültür koleksiyonumuzdan temin edilmiştir. İzolatlar çapraz
inokulasyon denemelerinde herhangi bir simptom sergilememişlerdir.
Her bir forma specialis’den (Fol, Forl, Foc ve Fomg) 40 adet izolat
setinin TEF1-alpha, Actin, Beta-tubulin, Calmodulin ve
Chitin synthase gen bölgeleri üzerinden formae speciales grupları arasındaki
filogenetik ilişkiler değerlendirilmiştir. Bu kodlayıcı gen bölgeleri Fol,
Forl, Foc ve Fomg izolatları arasında sınırlı genetik varyasyon göstermiş olup, farklı f. sp.’lerin ayrımını sağlayamamıştır.
Tüm genom dizi analizlerinde, toplam 45 adet F. oxysporum izolatının genom büyüklüğü 45 GB olarak saptanmış ve fungusların genomlarında insersiyon ve delesyon
olayları saptanmıştır. İzolatlar arasında patojenisite efektör genleri yönünden
varyasyonlar belirlenmiş ve six1 genine non-patojen izolatların hiçbirinde
rastlanmamıştır. Six4a ve six4b genleri ise, hem patojen hem de non-patojen
izolatlarda tespit edilmiş, bu durumun genlerin tür içindeki yatay transferi
ve/veya bu fungus türlerinde patojenisiteye neden olan diğer patojen genlerden
kaynaklandığı değerlendirilmiştir. Tüm genom align
edilmiş ve tek nükleotid farklılıkları tespit edilmiştir. Dendrogramda izolatlar 2 ana gruba ayrılmış, grup I’de tek
Forl izolatı yer alırken, diğer izolatlar grup II’de yer almış, ve bunlar kendi
içlerinde alt gruplara ayrılmıştır. Alt gruplar değerlendirildiğinde, Fol,
Foc ve Fomg izolatlarının çoğunlukla özelleştiği konukçulara göre gruplandığı
görülmüştür. Fol ve Forl her ne kadar farklı formae speciales olsalar da, elde
edilen filogeni analiz bulguları, aslında bunların birbirine çok yakın türler
olduğunu göstermektedir. Formae speciales’ler içerisinde en homojen genom Fomg
izolatlarında saptanmıştır.