Akademik Veri Yönetim Sistemi
GÜRCAN K. (Yürütücü), AKBULUT M., YILMAZ K. U., ÇELİK M.
TÜBİTAK Projesi, 2015 - 2018
Kayısı (Prunus
armeniaca) zengin besin içeriği ve
sevilen aroması ile insan diyetinin önemli gıdalarından biridir. Özellikle
Türkiye için sosyal ve ekonomik olarak önemli olan tarımsal ürünlerden biridir.
Son 20 yılda birçok bitkisel ve hayvansal organizmanın genomu dizilenmiştir. Bu
çalışmada Türkiye’nin en önemli kurutmalık kayısı çeşidi olan Hacıhaliloğlu ile
kayısılarda çok önemli problem yaratan Şarka hastalığına dayanıklı olduğu
bilinen Stark Early Orange (SEO) kayısı çeşidinin genom analizleri yapılmıştır.
Genom analizleri transkriptom dizileme çalışmaları ile de desteklenmiştir. İki
çeşitte Illumuna dizileme teknolojileri ile Çift-Uç okumaları
gerçekleştirmiştir. K-mer analizi yapılmış kayısı genomumun yaklaşık 270 milyon
nükleotid uzunluğunda olduğu belirlenmiştir. Çift-Uç okumalarından
Hacıhaliloğlu çeşidinde kayısı genom büyüklüğünün 269 katı (269X) ve SEO
çeşidinde 133X okuma gerçekleştirilmiştir. Hacıhalillğlu çeşidinden ise ayrıca
4 ve 10 kilobaz (kb) uzunluğunda kütüphaneler kurularak Eş-Çift okumaları ve
PacBio dizileme gerçekleştirilmiştir. Hacıhaliloğlu 4 ve 10 kb uç okumalarından
sırasıyla 167X ve 127X okuma gerçekleştirilmiştir. PacBio sistemi ile yine
Hacıhaliloğlu kayısı çeşidi için 100X okuma gerçekleştirilerek toplam okuma
kapsamı 663X olmuştur. Okumalar birleştirilerek önce kontigler daha sonra
skafoldlar oluşturulmuş, son kertede oldukça yüksek kalitede kayısı genom
büyüklüğüne denk gelen toplamda 270 milyon uzunlukta 4418 skafold elde
edilmiştir. Hacıhaliloğlu çeşidinde altı dokudan (yaprak,
çiçek, sap, kök, genç meyve ve olgun meyve) ve SEO çeşidinden iki dokudan
(yaprak ve çiçek) her doku için ortalama 40 bin civarında transkript elde
edilmiştir. İleriki çalışmalarda
skafoldlar yakın akraba türlerin genomları ile eşleştirilerek ve moleküler
haritalar kullanılarak kromozom çapında birleştirilme gerçekleştirilecektir.
Elde edilen okumalar düzenlenmiş GenBank’a kaydedildikten sonra kayısı
çalışmalarında birçok özelliğin çalışılmasında kaynak olacaktır. Kaynak genom
özellikle Şarka’ya dayanıklı kurutmalık kayısı ıslahı çalışmalarında önemli
olacaktır.